嘉義、雲林、屏東等中南部縣市自2017年12月開始，多處的禽場傳出禽流感疫情，各地防疫所在5日內共計撲殺2萬7千餘之雞鴨。

包括屏東縣動物防疫所在內，也於1日在枋寮鄉一處肉鴨場，經檢體檢測確認該禽場之肉鴨感染禽流感，檢測結果為H5N2亞型高病原性禽流感陽性，防疫所即依照標準作業程序啟動防疫機制，赴該場執行撲殺作業，總計撲殺5,510隻肉鴨。

屏東縣政府表示，撲殺作業結束後並督導業者完成場區清潔及消毒工作，降低疫情傳播風險。另已同步啟動該場半徑1公里內周圍養禽場監測採樣工作，以確認周圍場家禽健康情形及無病毒活動。

而根據農委會防檢局的資料顯示，台灣現已進入禽流感的高峰期，自2017年12月以來，肉鴨，肉鵝、土雞、皇金雞等禽種，都是確診感染H5N2高病原禽流感。

防檢局指出，自12月28日以來，各地防疫所在5日內共計撲殺2萬7千餘之雞鴨，包括嘉義六腳鄉於12月28日撲殺肉鴨1468隻；屏東縣鹽埔鄉則於12月29日撲殺4849隻皇金雞；屏東縣枋寮鄉也在1日撲殺5510隻肉鴨；雲林縣元長鄉也於1日撲殺1萬5239隻黑羽土雞。

而行政院農委會防檢局則於2日表示，2017年禽場已完成確診的高病原性禽流感案例計182件，禽種以土雞及水禽為主，亞型以H5N2亞型高病原性禽流感為主，至於H5N6高病原性禽流感則自2017年3月7日後未再檢出，H5N8高病原性禽流感也自2017年9月4日後未再檢出。

防檢局說，為了強化禽流感預警監測工作，因此已於2017年12月11日起分別對鴨場、土雞場及蛋雞辦理主動監測強化措施，希望能夠在早期發現案例，並及時處置，以降低禽流感發生及傳播風險。

而針對有媒體報導，屏東等中南部縣市禽場再度爆發H5N2禽流感疫情，但農委會防檢局卻疑似阻饒地方政府發布新聞一事；防檢局也在2日發布新聞稿表示，對禽場或屠宰場確診高病原性禽流感案例之處置情形及相關資訊，皆有立即更新並公布於防檢局禽流感資訊專區，供一般民眾及相關業者隨時瀏覽，並無所謂「悄悄上網」之事。（私製禽流感疫苗）