《農田水利會組織通則》修正案於去年12月15日逕付二讀，學界憂近期法案將三讀通過，水利會就會改制成公務機關，因此發起連署提出六大聲明，要求蔡政府暫停修法，重新研擬方案。

為達到農業有效防治災害的目標，立院於去年12月15日處理《農田水利會組織通則》部分修正草案，要將水利會改制成公務機關，會長則由官派。當日民進黨團透過人數優勢壓境，表決草案逕付二讀，跳過委員會的審查。

蔡英文總統在去年12月13日的民進黨中常會解釋，農業水資源是全民資源，這不是綁樁，也無關政黨考量。

但學界卻不買單，農委會前主委陳保基憂心躁進修法會害慘台灣農業，進而發起學者們連署，要求暫停修法，重新研擬更妥適的方案。

連署名單包括楊平世、吳文希、蔣丙煌、徐源泰等前後5任的台大農學院長都參與連署，另外還有前行政院長張善政、前經濟部長杜紫軍、張家祝以及前內政部長李鴻源等45人。

據《中時》報導指出，陳保基認為，農田水利會若改制成公務單位，將產生更多問題。政府單位運用預算需要經過招標等程序，未來當天然災害發生，水路受損需要維修時，還得經過繁複程序才能動用預算，維護效率肯定會變差。舉例而言，水稻在插秧期間，只要晚一周給水，就很有可能在成熟期遇上大雨或颱風。

陳保基還指出，農委會為了替修法創造正當性，竟宣稱要擴大水利會灌區，把原本灌區外的農地也納入灌溉範圍。但是，目前灌區內的灌溉用水都已經不足了，根本沒有能力擴大灌溉，這很明顯是欺騙社會大眾。他補充，政府若覺得水利會運作有值得精進之處，應該是提出整體改善計劃，確認可以達到效果後，再討論如何修法。

另外，《聯合》報導指出，深綠學者、台大農學院前院長楊平世也批評，這一年半以來政府完全不尊重專業。他指出，每一個農田水利會都有100至300年的歷史，資產由歷代政府挹注，也有民間的財產。若未來改為編派，原本人員的定位不明，會增加國庫的負擔。

楊平世還說，官方說會加強水利建設，但現在正好是乾季，水權調配的第一順位為民生用水，第二是工業用水。若現在強勢要求水利會成官派，「不就是為了調度工業用水嗎？」他說，政府若認為選舉投票率太低，應該檢討的是水利會內投票資格本身的問題。

對於外界的熱議，行政院發言人徐國勇11日接受媒體訪問時表示，農田水利會改制後，錢還是歸水利會使用，人員則晉升為廣義的公務人員、權益更有保障，且能服務更多的區域，是一舉多得，草案還在立法院審議，行政院會尊重立法院的決議。他強調，修法後能夠提高耕種水源的調度空間，做更有效的利用，同時也可以服務尚未受到服務的農民。（水利會風波）