立法院17日凌晨三讀通過《農田水利會組織通則》修正草案，全台各縣市的農田水利會將升格改制為公務機關，並停止辦理會長及會務委員選舉，會長任期屆滿將改由政府派任，準用《公務人員行政中立法》。蔡英文總統表示，這是台灣農業與水資源管理重要的里程碑。

立法院臨時會16日下午審理《農田水利會組織通則修正草案》，朝野黨團溝通未獲共識，全案遂逕付表決。而議場外圍的濟南路也聚集大批北上陳抗的水利會成員與農民，反對水利會收歸國有，批評執政黨大開「民主倒車」，國民黨主席吳敦義及多位國民黨立法委員也到場聲援。

表決過程中，朝野立委輪番發言表達立場，國民黨立委甚至退席表達抗議，雙方交鋒歷經將近7小時，於17日凌晨0點13分宣布三讀修正通過。

蔡英文總統17日凌晨在臉書發表貼文表示，「這是台灣農業與水資源鬼裡重要的里程碑。」

蔡英文指出，農田水利會等待了超過25年，終於成功轉型為公務機關，改制後，將成立基金，「把屬於人民的資源，每一分每一毫都用在農田水利事業上。」

蔡英文表示，國民黨執政時期，一度成功主導農田水利會轉型公務機關的修法改革，最後卻不能堅持改革立場。蔡英文強調，此次修法獲得超過150位專家連署支持，更有國民黨籍的水利會長表態支持修法，可見這項改革是「超越政黨，也沒有藍綠之分。」

未來農田水利會升格改制為公務機關，停止辦理會長及會務委員選舉，現任會長及第四屆會務委員任期至2020年9月30日。而會長任期屆滿也將由政府官方派任，準用《公務人員行政中立法》，會長由農民投票直選將正式走入歷史。

民進黨立院黨團總召柯建銘表示，為因應升格，未來2年4個月將完成《農村及農田水利署組織法》、《農田水利會改制條例》及《農田水利法》。柯建銘強調，「改制絕對不等於官派」。

農委會將進一步訂定《農田水利會改制條例》草案，處理改制事宜，未來農田水利會預計將納入農委會升格農業部底下的「農村及農田水利署」，下轄6個分署將各地水利會併入，人事將採雙軌制，由分署長兼任代表人。水利會現有700多億現金及土地資產，將另外討論確認，草案最快8月底前送交立法院審議。（八年級生是否生錯時代？七年級怒斥：我們更慘！）