不僅陽明大學校長遴選出問題，台大校長遴選爭議至今仍未平息，新任監委高涌誠、張武修已立案調查，不過，兩位監委相當尊重大學自主，並無意直接從「台大」調查起，而是要求教育部提供資料、說明相關疑點，調查監委們將著力於制度面檢討，無關「擋不擋管」，認為教育部對各大專院校的遴選委員會無任何規範和一致性標準，造成制度很混亂，各大學各吹各的調，也讓遴選委員會認定校長資格的權限過大，此次陽明、台大的校長遴選過程爭議均由此而來，應全面檢討。

陽明、台大校長遴選案　教部：尊重大學自主

實際上，教育部長潘文忠面對陽明、台大校長遴選過程中均引發爭議，採取一致性作法，就是完全尊重大學自主，請陽明、台大的遴選委員會再開會就校長候選人的資格再確認一次，基本上教育部並無意越俎代庖，代為釐清爭議，而是回歸各校既有機制，在遴選委員會中處理爭議。不過，據了解，潘文忠亦發現因教育部基於遵重大學自主對各項道來的校長遴選辦法均予以尊重，但照單全收的結果卻也是近日各校在遴選過程發生的爭議的問題所在，釜底抽薪的作法還是得從修《大學法》做起。

調查陽明大學和台大校長遴選案的監委們均發現，台大無論在校長候選人名單和遴選委員上均透明化，而陽明大學則是即使在遴選結果出爐後，外界仍不知到底有那些校長候選人，又有那些人擔任遴選委員，一旦爭議出現，極易被外界質疑是「黑箱」作業。

遴委會自行認定資格　遭疑黑箱作業

但監院人員在調查過程中也發現，台大遴選委員會和陽明大學的遴選委員會同樣有過度擴權到涉及應由校務系統進行資格認定，結果卻是遴選委員會自行認定的問題，以陽明大學為例，如遴選委員、教育部次長姚立德所言，郭旭崧以副教授身分的「相當教授」資格，理應由校務系統釐清、認定，結果在遴選委員會自行認定資格的結果，自是引發外界議論了。

同樣的，在台大校長遴選案中，依規定教授是否可以擔任企業「獨董」必須事先向學校提出申請，由台大校方核備後才能出任獨董，因為一旦校方同意其擔任獨董身分，該人員依規定就必須將其獨董所得的一成捐給台大校務基金，但管中閔顯然沒有事先向交方提出核備，而是在參加校長遴選時才揭露此一資訊，社會多認為身為最高學府「台大」的校長遴選，候選人資訊動揭露應採取高標準，而遴選委員會卻自行認定此作為不影響遴選資格，也成為管中閔出線卻引發爭議所在。

遴委會選出新校長　仍需經「教育部」核准聘任

監院調查人員指出，教育部依《大學法》第九條規定，新任公立大學校長的產生應由學校組成遴選委員會遴選出校長後，由教育部聘任，因此教育部目前的處理方式，就是將一切校長遴選爭議就回到各校的遴選委員會中處理，但教育部顯然忘記了同一大學法條文中亦載明，國立大學校長遴選委員會的組織、運作及其他應遵行事之辦法，「由教育部定之」，亦且即使遴選委員會選出新任校長，仍需經教育部核准聘任，因此監委們認為，教育部在尊重大學自主之際，對於各校遴選委員會的職權亦有一定的監督之責。

監院相關人員進一步表示，依據大法官釋字第380號解釋，所謂的「大學自治」主要在保障學術自由，但教育主管機關仍應依法行使其行政監督權，如今各大學遴選委員會各行其是，且在認定校長候選人資格權力無限大，全由遴選委員會說了算，教育部應建立制度，讓各校的遴選委員會有一致性標準，實責無旁貸，這也是監院調查台大校長遴選案的重點所在。