2016年5月蔡政府上任後，對岸單方面中斷與海基會聯繫；每每海基會因業務需求函中國海協會，均未獲任何回應。然而海基會官員透露，雖然海協會礙於中央政策，不得公文回覆海基會，但對於我方去函要求的行政協處仍然「默默配合」；去年就曾發生華南地區台商遭遇地方政府法規障礙而求助海基會，海基會去函海協會希望了解情況，儘管海協方面毫無回應，但事實上仍私下聯繫當地台辦，前往協助台商問題。

蔡政府上任近2年，兩岸兩會交流幾乎陷入停擺，我方海、陸兩會也數度公開抱怨中方對我方各項函電「已讀不回」；而花蓮震災發生後，中國國台辦主任張志軍與海協會會長陳德銘更跳過海、陸兩會，逕與花蓮縣政府聯絡，陸委會副主委林正義在美國一場研討會上公開批評其作法「意圖將台灣地方化」。

震災罹難陸客家屬來台　均由海基會協助

但海基會官員透露，儘管礙於中央政策約束，海協會中斷與海基會正式往來，也不再以官方文書回覆海基會，訊息只能「已讀但不能回」；但基於民間法律、商業、急難救助等實際需求，兩會之間的業務往來依舊持續，而海協會只能以迂迴方式與海基會合作。

官員舉例，例如此次在花蓮震災中罹難的中國旅客，中國國台辦指稱在透過慈濟協助辦理家屬來台手續，但事實上相關申請程序及家屬辦理罹難者法律文件，均由海基會協助。

兩岸互動冷　海基會、海協會低調互助

而去年東莞地區曾有台商租用的商辦建築一樓失火，而台商租用的二樓雖然未受火災波及，但由於當地公安以消防理由封鎖整棟建築，禁止所有住戶進出，台商無法到自己租用的辦公室用取走參加商展的成品。眼看商展將至，心血和訂單可能落空，台商緊急向海基會求助。

海基會官員透露，當時海基會發函給海協會，完全沒有回應，不知對方是否確實接獲訊息。然而很短時間，求助台商告知海基會，當地台協已接到海協會通知，聯繫街道辦事處前往解決問題。海協會悶不吭聲地完成海基會的請求，箇中奧妙和苦衷，也讓海基會莞爾不已。

而去年年初前曾有一名四川到東南沿海地區工作的漁工不幸在作業中落海，在基隆港外海被發現，海基會連忙聯繫罹難者家屬來台辦理後事。由於必須驗DNA確認身分，所需時間較一般來台處理法律問題更長，海基會也特別聯繫相關部門開具證明，延長其入台證效期。

官員轉述，家屬來台時由當地台辦官員陪同一起前往海基會，但台辦官員卻拒絕進入海基會大樓；雙方的文件遞交和細節商議，只得在海基會大門外進行，辦理過程中，台辦人員也堅持在門外等候。而案件處理完畢，海基會人員招待台辦人員與家屬共進午餐；身處台灣公務部門「辦公處所」之外，台辦人員和家屬便放下顧慮，不斷向海基會官員表示感謝，成為兩岸官方中斷往來時期裡，民間互動的微妙默契。