衛福部健保署13日公布2016年醫院財報，其中，2016年領取逾新台幣4億元共計有148家，包括醫學中心19家、區域醫院80家、地區醫院49家。其中整體餘額部分，林口長庚以43.58億元居冠，其次為高雄長庚32.72億元，第3是台大醫院25.26億元，前10名中，長庚醫療財團法人體系的醫院就占4家。

根據二代健保資訊透明公開原則，健保署過去3年已陸續公布2013年至2015年健保費用逾新台幣6億元醫院財報，如今調降提報門檻，公布2016年健保費用逾新台幣4億元醫院財報。

從整體收入來看，134家醫院中，林口長庚醫院賺43.58億元居冠，其次為高雄長庚醫院、台大醫院、中國醫藥大學附設醫院、基隆長庚醫院、台北榮民總醫院、桃園長庚醫院、彰化基督教醫院、義大醫院、成大醫院。前10名中，長庚醫療財團法人體系的醫院就占4家。

在2016年虧損的14家醫院當中，嘉義長庚則居冠、虧損達5.61億元，其次是義大癌症醫院虧2.89億元、台南新樓醫院虧1.06億元、敏盛醫院虧0.78億元、衛生福利部金門醫院虧0.48億元。

健保署醫務管理組組長李純馥說，長庚醫院體系收入以股利所得、研究收入為主，林口長庚醫院光是股利所得就多達44.7億元、高雄長庚醫院股利所得也有30.6億元。

對於長庚醫院遭外界詬病盈餘並未回饋到醫護人員，李純馥表示長庚在人事費用上，相比2015年多了2%，從46%提升到48%，顯示長庚有把經費用在人事上，如提高薪水、給獎勵金等。

健保署表示，綜觀2016年財報內容，與醫務有關收支部分，從2013年到2016年，醫院有盈餘的比率從70%(76家/109家)，增加到77%(114家/148家)。（漢莎航空堅持不改中國台灣）