足協原訂在17日召開會員大會進行理監事改選，但因在召開理監事會和審查會員及參選人資格出現爭議，直到國際足球總會（FIFA）和體育署連下兩道金牌，發函給足協要求暫緩改選作業，足協才在16日「緊急公告」，宣布「暫緩辦理107年3月17日召開之緊急會員大會」，要等待FIFA與AFC（亞洲足球聯盟）的聯合代表團到台北，商討和評估整個選舉狀況並做出定奪後，才會重新展開改選作業，預計聯合代表團最快3月底、4月初來台。

足協改選爭議極大，連國際足總（FIFA）都看不下去，FIFA祕書長蕯穆拉（Fatma Samoura）9日發函給足協祕書長陳威任表示，「在這些情況下，我們徹底分析各方收集到的相關資料後，認為中華台北足球協會似乎並不是在進行一個民主的，有程序的，公平的和透明的選舉。」因此，FIFA主張，「我們強烈建議中華台北足球協會暫停所有的理事會選舉相關工作，等待FIFA與AFC的聯合代表團來到台北，和所有相關單位商討和評估整個選舉狀況再做定奪」。

這是中華足協從1954年成為FIFA會員以來，首度因改選爭議遭到FIFA介入調查，並派員來台處理改選事務，近年來只有盧安達和衣索比亞曾遭到FIFA類似的處置。FIFA僅收到由足協副理事長龔元高彙集了劉世芳等25位足協團體會員代表、6位理事連署，提出的足協改選不公申訴，同時FIFA也收到足協祕書處3月2日、7日提出的兩份報告，及2月27日審核理事會候選人資格的選務小組第一次會議紀錄，才認定，「中華台北足球協會似乎並不是在進行一個民主的，有程序的，公平的和透明的選舉。」

也因此，龔元高表示，此次由FIFA與AFC組成的聯合代表團來台，將重新檢視足協處理整個改選的過程，包括確認可以參與投票的會員人數，亦即要檢視團體會員資格及會員代表成員，這樣才能確認此次參與改選的會員名冊。

將重審理事長、理監事參選資格

另外，龔元高也指出，FIFA一定會要求足協必須重組「選務小組」，並重新審查參選理事長及理監事的參選人資格，則原本遭足協選務小組以「非會員無參選資格」的邱義仁理事長候選人身分可望敗部復活，之後再重新召開理監事會確定會員名冊和參選人名單，並進一步確認改選時間，足協才會再宣布召開會員大會進行理事長。

龔元高表示，依據FIFA章程第5條明訂，各會員國選舉時要由會員7至9人成立選務小組，但足協秘書長陳威任卻自行誤用FIFA章程，佯稱「選務小組是由協會的紀律委員、申訴委員會和監事委員會的主席成立三人小組」；亦且由陳威任主導成立的選務小組成員，三人中有二人是現任理事長林湧成的私人公司律師，全然不知利益迴避，因此，他認為，原本足協選務小組的組成明顯已違反FIFA章程，由選務小組完成的參選人資格審查當然無效。因此，他認為，一旦FIFA的聯合代表團來台後，不僅足協選務小組要重組，連理事長和理監事的參選人資格也要重審。