台大校長遴選案經過校方召開臨時校務會議後，目前尚待教育部定奪，不過直至今日仍未有結論，教育部稍早表示，為釐清相關疑義，將展開跨部會審視，最快4月中旬有結果。

台大在1月5日選出了新任校長管中閔，並在1月10日將新任校長當選案報教育部聘任，不過隨之一連串爭議卻使他至今仍未上任，他更在臉書上不斷向教育部喊話，要求盡快聘任他為台大校長；不過，教育部今表示，以目前外界所公開揭露的資料顯示，中國廈門大學等將管教授列為兼任教授、博士班導師、以及該校碩士招生簡章中稱之「實質性兼職教授」等教職，在同一時期，管中閔也擔任多項公職，包括中研院經濟所兼任所長、行政院政務委員（同時期兼任經建會主委、國發會主委）等職。

教育部指出，管中閔擔任上述公職期間及卸任政務官之後的相關赴中國管制規定涉及層面又廣又深，若干專業與法律問題需跨部會協力才能釐清，因此為了周全決策，並加速解決爭議，教育部將在近日籌組跨部會諮詢專案小組，邀請相關部會、法律與教育專業人士，協助釐清相關事實爭點與法律適用疑義，希望能於4月中旬左右，提出諮詢意見供教育部後續決策參考。

教育部也強調，《大學法》第1條規定，大學係在法律規定範圍內享有自治權。至於國立大學校長之遴選作業，依《大學法》第9條規定是由學校組成校長遴選委員會並選出校長後，由教育部聘任，因此教育部對國立大學校長聘任有適法性的監督權責。之前教育部請台大回應此次校長遴選作業等相關疑義，部分程序未獲實質釐清；再加上，政府每年提供台大的公務預算高達數十億元，無論是之前的五年五百億、邁向頂大及自107年起之高教深耕計畫，台大都是台灣最具代表性的國際學術及研究型大學；台大校長人選之資格及遴選程序是否合法，具有重大公共利益性質，動見觀瞻，亦不容有模糊空間。

而教育部除了就台大本次遴選爭議籌組跨部會諮詢專案小組外，另外，也已就現行國立大學校長於遴選期間發生之相關爭議，組成修法之專案工作小組，將盡速研修遴選辦法等相關法規，就校長候選人資格審查機制，以及遴選會委員自律規範等措施進行檢討，並釐明校務會議與遴委會間權責關係之規範等事項，避免遴選過程發生爭議情事，在法律規範下，落實並維護大學自治的精神及遴委會獨立公正的職能。