由於深澳電廠的卸煤船航道與深澳漁港恐「撞道」，傳出台電正研擬另蓋離岸防波堤，隔出航道以供民眾漁船進出。但新堤防位於「瑞芳水產動植物繁殖保育區」，屬一級環境敏感區，依法不能開發，台電竟轉而要求新北市為此調整保育區範圍。

深澳電廠日前以一票之差驚險闖過環差評估，但尚未簽核環評通過的公文，如今再爆生態爭議。深澳漁港及深澳電廠未來的卸貨碼頭都在深澳灣，恐影響漁民船隻進出。據《聯合報》報導，為解決航道問題，台電在深澳燃煤電廠環差案中，提出擬另增兩道防波堤，區隔航道以供漁船航行。

但早在2014年，新北市政府即將深澳灣附近畫設為「瑞芳保育區」，屬第一級環境敏感區；海岸管理法更將重要水產保育區畫為「一級海岸保護區」，法律明定不得開發。

報導指出，環評委員鄭明修表示，依照程序，台電應先與新北市協調調整保育區，再將深澳電廠的環差案送審，但現在保育區爭議還未釐清，就已經通過環差了，無疑是「先射箭再畫靶」。

對此，官員互踢皮球。環保署表示，三次專案會議中僅漁業署在首次提出對保育區意見，後續沒再新增意見，但漁業署強調，在環評審查時皆有提到此事；至於環保署副署長詹順貴則稱，「我只是環評大會才來參加，不知道有這樣的事情。」深澳電廠的爭議何時能止？還有很長一哩路要走。（檢視大巨蛋進度）