新教長吳茂昆周一宣布新人事案後，近兩天來接連遭爆料，除了赴中開講座、曾任二個中國大陸官方研究機構顧問等爭議。羅智強晚間臉書上爆料，指出吳茂昆2004年還曾任中國大陸「西部超導材料科技有限公司」技術顧問，羅智強說，我不知道此「吳茂昆」是不是彼「吳茂昆」，如果是，那麼事情就大條了。

羅智強說，「西部超導」的母公司是西北有色金屬研究院，這是大陸「軍用」稀有金屬科研生產基地，榮獲大陸「高技術武器裝備發展建設工程突出貢獻獎」、「國防科技創新團隊」等殊榮肯定。
 

羅智強指出，如果，這二個吳茂昆是同一個人，那麼，新任教育部長吳茂昆，在2004年時，可是國科會主委。
 

羅智強質疑，一個部長級的科技高官，在擔任國科會主委的同一年，跑到有中共軍方色彩的機關當技術顧問，這中間難道不需要去查一下有無違法？有無涉及洩密？照民進黨平常扣人賣台的標準，早該拖出去槍斃了！擔任「技術顧問」，有沒有收取報酬呢? 羅智強認為，他相信也是每一個台灣人民關心的事情。
 

羅智強說，希望這位同様專精超導、又是院士的「吳茂昆」技術顧問，不是現在這位也專精超導、也是院士的「吳茂昆」教育部長！

但不管是不是，羅智強表示，新教長吳茂昆都必須站出來説清楚講明白！也請賴清德查個清楚明白！又北檢，要不要約談一下呢？

對此，據《聯合報》報導，吳茂昆晚間發聲明指出，「這完全是莫須有的指控」。他2004年還在擔任國科會主委，不可能接任何中國的職務。

吳茂昆說，他確實知道這間公司，其以前的負責人為中國的院士。但他從來沒去過這間公司，更沒接受過任何這間公司的職務。（國民黨提證　直指新教長赴中擔任顧問）