自行政院公布新任教育部長由東華大學前校長吳茂昆接任後，赴陸講學等爭議就被連環爆出，現又被東華大學心理系教授爆出他在擔任校長期間，有高達60%的上班日都請假。此外，台北市大安文山區議員參選人羅智強更貼出一張吳茂昆出現在中國「軍用」金屬科研公司的照片。

台北市參選新人游淑慧、徐巧芯、鍾沛君等人則是在18日上午10點至北檢按鈴告發吳茂昆違反《兩岸人民關係條例》第33條「違法擔任大陸地區行政機關職務」。

游淑慧指出，從目前已揭露的資訊可知，吳茂昆至少在兩間大陸地區黨務、軍事、行政或具政治性的機關任職，已屬明顯違法，盼北檢儘速分案調查。

同時身為把英九辦公室的發言人徐巧芯則說，只要北檢發揮偵辦馬英九案、管中閔案一半的力度，相信案情很快可以水落石出，「希望北檢不要辦藍不辦綠」。

另外，一名東華大學心理系教授指出吳茂昆在2012年任職校長時，一年請假天數高達160天，占全年工作天的66%，2013年及2014年則分別是59.4%、60%。教授忍不住痛批，吳茂昆絲毫不把校務放在眼裡。

對東華教授指控，據《聯合》報導，吳茂昆指這是舊案重提了，且完全悖離事實。

羅智強則是在17日晚間爆料，指出吳茂昆2004年還曾任中國大陸「西部超導材料科技有限公司」技術顧問。羅智強說，「西部超導」的母公司是西北有色金屬研究院，這是中國「軍用」稀有金屬科研生產基地，榮獲中國「高技術武器裝備發展建設工程突出貢獻獎」、「國防科技創新團隊」等殊榮肯定。

羅智強質疑，一個部長級的科技高官，在擔任國科會主委的同一年，跑到有中國軍方色彩的機關當技術顧問，這中間難道不需要去查一下有無違法？

對此，吳茂昆發出聲明，指這完全是「莫須有」的指控，稱在擔任國科會主委的同時，不可能接任何中國的職務。

吳茂昆說，他確實知道這間公司，但他從來沒去過這間公司，更沒接受過任何這間公司的職務。

羅智強18日再加碼貼出一張照片，照片是「實用化高溫超導材料產學研合作組成成立大會」，攝於2016年10月16日，只是照片內赫然出現吳茂昆！

羅智強大喊「有圖有真相」，質疑吳茂昆不是沒去過這公司，沒接受任何職務嗎？「吳大部長，這照片中人該不會同名同姓還長得一模一様卻不是你吧？」

此外，羅智強也說，西部超導材料科技公司 2010年度第一期短期融資券募集說明書中，也把吳茂昆以技術顧問身分放進去當成團隊介紹，「這一點又怎麼說？」（羅智強爆：兼中國軍用公司顧問）