23日總統府舉行秘書長交接典禮，陳菊從總統府代理秘書長劉建忻手中接下印信，正式出任新任秘書長。但朝野關注重點均擺在陳菊是否會替民進黨新北市長參選人蘇貞昌輔選，對此陳菊迂迴回應，她是輔佐總統的幕僚角色，「選舉的事務是黨的事務」，政績就是最好的助選。

陳菊卸高雄市長走馬上任總統府秘書長，由副總統陳建仁主持23日秘書長交接典禮。

陳建仁表示，他今天代表總統感謝劉建忻辛勞，兩年來劉建忻工作表現受到總統和執政團隊肯定，在秘書長出缺期間兩度代理承擔重任。而陳菊一直為台灣打拚，熱誠奉獻青春血汗，總在關鍵時刻捍衛台灣人權正義，無悔追求自由民主，「在台灣民主運動發展過程中，是大家敬愛、學習的菊姐。」

陳菊致詞時首先感謝總統的信任，她強調，在謝謝之前，要再次感謝高雄市民的栽培愛護，在高雄12年，離開高雄是個很艱難的決定，但相信市府團隊一定有能力率領高雄完成未完的工作，「感謝高雄市民對我的信任、支持和疼惜，今天我才能站在這裡承擔新的任務，我會努力扮演輔佐總統角色。」

「從黨外小妹到走進總統府，我想就是因為改革決心從來沒有改變。」陳菊娓娓道來從政過程，她表示，從1968年至今，從體制外、黨外到今天進入體制，人民對民進黨有很深期待，過程中很多陣痛，但政府一定會謙卑聆聽各種意見，努力溝通協調，團結台灣共識，以促進台灣有更多和諧、和解為目標。

陳菊說，現在是最重要時刻，希望大家和她一樣支持台灣社會改革，離開高雄是對台灣有更大責任和更大的愛，請大家諒解她離開，她保證扮演好總統幕僚長角色，希望大家不忘初衷，她會全力以赴。

典禮後陳菊與媒體寒暄時，被問及是否擔任民進黨新北市長參選人蘇貞昌的競選總部主委，陳菊則回應，她的重點是扮演輔佐總統幕僚的角色，「選舉的事情是黨的事務。」

陳菊強調，她是特任官，主要工作是輔佐總統，讓總統能在改革過程獲得很大的支持力量，這才是她的工作，「如果我們改革順利成功、有政績，就是最好的助選。」（菊姐接秘書長讓「她」滿意度變高）