教育部27日駁回台大校長聘任案後，對於管中閔是否可再繼續參選台大校長，教育部表示，管中閔仍可參選台大校長，但台大遴委會須就資格把關，而重新選出的校長人選，教育部仍有准駁權，並據統整跨部會小組的「法律研析意見」（看全文請點我），作適法性檢核。

教育部次長林騰蛟27日受訪表示，管中閔必須在積極和消極（沒有違法）資格方面沒有問題，才可以繼續成為台大校長候選人。林騰蛟表示，所有校長候選人的資格審查採取相同標準，管中閔若再次參選，仍須釐清獨董、學倫及赴中三大爭議。

而教育部長吳茂昆27日深夜表示，台大遴選委員會如果審議資格時發現有違法、不法之處，台大遴委會應自行把關、尊重大學自治。而從法律的觀點來判定，管中閔在台哥大兼職的過程、按自己訂的規「偷跑已經違法」；但如果台大遴委會仍認定他、但教育部認定其為不適格候選人，「還是會做最後把關」。

據教育部跨部會專案小組調查報告，管中閔在2017年5月2日提出的兼職簽辦表，明載申請兼職台灣大獨董期間為2017年6月14日至109年6月13日，而據台大函文，台大是在2017年10月2日才正式函知台灣大與管中閔同意兼職，因此可證管中閔違法先行兼任台灣大獨董。

至於管中閔赴中兼職兼課部分，林騰蛟表示，「目前查無嚴重違法」，但「現在查無違法，不代表後面沒有查出違法」，因為檢調還在查調中，若調查結果指管中閔有違反國家機密保護法、兩岸人民關係條例等法令，就不適格當校長候選人。

林騰蛟表示，經跨部會小組討論，認定管中閔獨董身份與遴委蔡明興間存有「重大利害關係」。學倫爭議部分，也要發文要求台大誠信辦公室必須「認定」，不能像上次一樣不予處理。

教育部次長林騰蛟表示，4月30日會發文要求台大補正遴選程序，台大校長遴委會須回到最初8名候選人的資格檢查，遴選委員必須利益迴避，若管中閔再次參選，蔡明興就必須迴避。

教育部強調，拍板駁回台大校長聘任案是「對事不對人」，是針對台大及台大遴委會，至於管中閔兼職違法一事，是否喪失旗參選的消極資格，初步要由台大遴委會認定。（龍應台怒批民進黨）