教育部27日晚間召開記者會，正式宣布不聘任管中閔為台大校長，此舉引起各界反彈，除了前文化部長龍應台發文呼籲「台大，請你抵抗」外，作家張大春29日也在自己臉書發文：「民進黨不要以為拖過幾天媒體熱之後拔管案就過去了，民主退步的賬本攤在人民眼前，人民會醒悟且記得：今天你侵入校園，明天你就會侵入家園。」

針對教育部27日駁回台大校長遴選案，龍應台隨即在臉書怒批民進黨為一黨之私，破壞大學自主。28日上午，右在臉書聲援台大遴委會委員，要台大遴委會抵抗倒底，捍衛大學自主。

然而，根據教育部新聞稿附件一之時間表，台灣大早於去年4月28日即已函請台大准許管中閔教授於2017年6月14日至2020年6月13日兼任台灣大獨立董事；而管中閔亦於5月2日正式向校方提出兼職申請，經層層簽辦後，當時之台大楊泮池校長於5月17日核准管中閔之兼職申請。

6月14日台灣大董事會，管中閔獲選為台灣大之獨立董事。教育部認定管中閔違法兼任台灣大獨董之理由為，台大於9月29日始正式與台灣大簽訂產學合作與學術回饋金契約，因此管中閔於6月14日當選後即就任台灣大獨董及審計委員會和薪酬委員會委員為偷跑之「缺乏學術誠信」行為。

對此，中央研究院基因體研究中心研究員阮麗蓉對教育部的決議，她也感到不可思議，還在臉書表示：想破頭也不知這與「學術」何干。(台大師生集結「傅鐘」　齊綁黃絲帶力挺管中閔)