教育部27日駁回管中閔當選台大校長的遴選結果，要求台大回到推薦資格初審階段。管中閔打破沉默，表示將和台大師生站在一起，捍衛大學自治，而台灣高教界國立大學校院協會28日發出聲明，批教育部不應干預大學自主。私立大學院校協進會29日更發聲明直指，「台大校長遴選爭議的負面發展，是大學自治有史以來最黑暗的時刻。」

教育部27日駁回管中閔任台大校長遴選案後，國立大學院校校協會28日發出聲明表示，基於大學自治精神，政府不應干預遴選結果。

國立大學校院協會聲明表示，依大法官解釋，「大學自治」屬於《憲法》第十一條講學自由之保障範圍。此外，大法官釋字 380 號解釋文明示：「 國家對於大學自治之監督，應於法律規定範圍內為之，並須符合《憲法》第二十三條規定之法律保留原則。」釋字 450 號解釋文：「國家對大學之監督除應以法律明定外，其訂定亦應符合大學自治之原則。」

私立大學協進會29日也發出聲明指出，公私立大學校長的遴選，是《大學法》第9條明白揭示的「大學自治」事項。教育部依據該條第3項制定有「國立大學校長遴選委員會組織及運作辦法」，台灣大學據以訂定其「校長遴選委員會組織及運作要點」，法條中明確指出校長候選人資格之審核及最後人選之決定，屬於校長遴選委員會的任務，教育部的職責則是就遴選委員會選定的人選完成「聘任」程序，這也是大學法第9條第1項界定的大學自治重要內涵之一。

私立大學院校協進會聲明表示，「遺憾的是，教育部竟然毫不避諱以政治決定凌駕專業決定之違法疑慮，將台大校長遴選委員會歷經五次開會討論的決議，交由相關部會政務官組成的跨部會專案諮詢小組，進行欠缺法律依據的實質審查，兼為該部預設的駁回決定背書。」

聲明指出，台大固然是國立大學，但校長遴選涉及的是公、私立共通的大學自治事項，私立大學對執政者同樣有所期待，自不能置身事外。（張大春批民進黨）