台大校長案延燒4個月，日前教育部也正式駁回台大校長當選人管中閔的聘任，而管中閔在事件爆發後便鮮少公開對外發言，29日則透過媒體批評執政者，「貪得無厭就是台灣價值？」對此，仍具台大教授身份、且不斷被「台灣價值」所挑戰的台北市長柯文哲30日則說，台灣價值還是要用正面的態度來講，話鋒一轉他突然說，「我真的理解管中閔，這種情形下其實要心平靜和不容易」，但是否覺得民進黨政府貪得無厭？柯則不願回應。

教育部確定拔掉管中閔台大校長一職，柯文哲日前曾批這是個白癡政策，隔天又說，如果之後再次遴選，管中閔再選上台大校長，蔡政府會很難看；今天更突然說到，他可以理解管中閔，在這種情形下能心平靜和真的不容易。柯文哲也說，他每次都講，活在世界上要做一件事，前總統李登輝都會說要「不滿意但可以接受」，但坦白講，他當市長三年的心得就是做到「不滿意但可以忍受」，已經阿彌陀佛，很難說大家都接受。

柯文哲指出，大家常常不滿意，但在這之中國家還是要繼續前進，「政府是要解決問題不是製造問題」，因此針對管案，柯文哲說他以外科醫生的角度來看，「你今天說不讓管中閔上任，那我問下一題，遴選委員會要重新遴選還是怎樣？我都不曉得」，直言教育部要有下一步。

教育部27日晚間駁回台大校長當選人管中閔的聘任案，要求台大重新遴選，2天後管中閔接受媒體訪問，被問及「是否會重新參加遴選？」管中閔表示，這是假設性的問題，因為若台大真的重啟遴選，就代表校方接受外部干預大學自主，若台大的態度都如此了，「這樣再去參選，還有任何意義嗎？」