教育部退回台大遴選會決議，宣布不聘管中閔為台大校長，引起各界議論。不過，教育部長吳茂昆原定應該今天下午到立法院接受立委質詢，未料，不但以「另有公務」為由請假缺席專案報告，反而會議在休息同時，吳茂昆竟主動約與其他媒體會談，強調教育部絕對沒有干預大學自主，反而是基於捍衛大學自治立場，尊重大學自治的精神，才將全案回到台大遴委會，如果台大校長遴委會拒絕重啟遴選，台大校長應召開正式校務會議討論解決。

吳茂昆還以「我們應有的高教思維」主旨發出千字聲明，其中主要三點為：強調整體事件，教育部都捍衛大學獨立自由的立場未改變，目前的大學運作辦法，當中包括校長遴選制度等，仍等待改進，未來應將全面檢討與改革。

台大遴委會拒重啟  代校長應召開校務會議

吳茂昆表示，大學校長是遴選不是選舉，有人誤以為像中選會一樣，選出來就要通過，但遴選是要經過資格審查、找出最適法且最合適領導大學的人，不是用民粹選舉來決定，這些年來，大學校長遴選出現紛擾，與認知有誤有關。此外，吳茂坤又說，大學校長擔任校務會議主席是不對的，校務會議是大學最高權力機構，校長握有行政資源，如果再掌握校務會議，是不好的，也與教授治校有很大的扞格，是造成教授治校產生偏差的地方，校長當校務會議主席就會有行政和校務監督制衡衝突的狀況，要真正落實教授治校，實踐大學校園民主自治精神，校務會議主席不應該是校長。

管中閔當選校長有適法性問題

此外，大學最重要的是學生，怎樣保護學生的受教權，是教授的責任，吳茂昆直指，教育部用納稅人資源去建構以學生為主體的教育體系，協助和監督大學做好，教育部是代表全民去監督大學的運作，法律也明定，大學校長由教育部聘任，當然教育部在任用前，須檢視是否合法或是否適格？

對於台大遴委會拒絕重啟遴選，吳茂昆對此則表示，管中閔教授當選校長有適法性問題，教育部請台大根據這些資訊去檢視，這是遴委會該做的事，這裡面有基本的公平公正，遴委會是受台大校務會議委託，遴委會如果因此拒絕，就須由校務會議做決定，台大校長應該召開正式校務會議討論此事的後續，才是回到大學自治的基本精神。

吳茂昆強調，依台大校長遴選相關規定，遴選委員有些偏頗之虞下，候選人管中閔教授應要主動揭露（兼職台灣大獨董及與蔡明興的利害關係），應揭露卻未揭露，吳茂昆說，管先生沒有做，而從遴委會整個作為來看，也缺了這一塊，教育部給過台大重新審查的工作（機會），遴委會完全未符合自訂辦法，新事證出來之後未回到校務會議，仔細看遴委會的會議紀錄即可知，忽視重要環節，學術誠信不足，自己訂的辦法都不遵守。

處理管案沒政治考量

另外，據《自由》報導指出，吳茂昆強調，教育部處理台大校長遴選爭議這件事沒政治考量，是很清楚的事，他要很明確告訴大家，他上任10多天以來，總統蔡英文和行政院長賴清德，從來沒有跟他談過台大的事情。

吳茂昆還特別說，總統蔡英文透過政委要他做兩件事，首先是教導學生要節約能源，再帶回家庭，第二件事是希望改善學生的校外教學，再擴大校外教學範圍，讓偏鄉小孩可以到都市來認識更多的台灣，除此之外，總統沒有指示他其他的事了。

吳茂昆並指出，行政院長賴清德跟他談的其實都是私校退場怎麼辦，新南向教育推動如何，企業界需要人才如何處理，在與產業座談中，賴院長第一個點名他，詢問怎麼解決產業缺乏人才的問題。

據「聯合」報導，吳茂昆下午突發出千字聲明，主旨為「我們應有的高教思維」，最關鍵三點為，一、教育乃國之本，不會因特定政治與意識型態改變立場；二、教育部捍衛大學獨立自由的立場未改變；三、教育部將對大學運作辦法，包括校長遴選制度等，全面檢討與改革。

吳茂昆還指出，年輕人是國家的未來，因此如何教育當今的年輕人，正是我們對這個國家的想像。在民主的架構下，尊重法治、自由，這是小到家庭，大到國家都適用的準則，在大學校園內，能做到讓學生以校為家，所有教職員生共同塑造一個優質的環境，學生得到適才適性的教育，就要設計一套完整的訓練。

吳茂昆還說，教育絕不應受政治影響，應透過教育讓人走出蒙昧，釐清爭議，不因意識形態對立而陷入泥沼，回歸真正的理性思辨。台灣雖然作為世界上最值得驕傲的自由民主聖地之一，仍有許多進步的空間，但我們願意為了一同捍衛此價值而努力，不管面多大的困難。(吳茂昆未任教長前　以「中研院院士」加入教育部跨部會小組)

新任教長吳茂昆上任後，一周內做出駁回台大遴選會決議。引起學界嘩然，29日清大校慶日首先站出來聲援台大，批評教育部破壞大學自治，另外，多所私立科技大學校長也共同開始發動連署。此外，包括全教總和全教產也發出聲明，提出三不政策，「不接受、不忍受、不配合」，要求吳茂昆下台。

受邀從學術角度檢視學倫爭議

另外，原本立法院國民兩黨發出甲級動員，邀請教育部長吳茂昆列席做專案報告，未料，人還沒出席，吳不但以公務為由請假，還遭立委爆料，指出從教育部提供的拔管跨部會諮詢專案小組名單，赫見吳茂昆曾出席在4月10日舉行的首場諮詢會議，吳茂昆甚至當時是以「中研院院士身分」參加。其他成員還有法務部次長蔡碧仲、陸委會副主委邱垂正、行政院人事行政總處副人事長蘇俊榮等人，專家學者則有周志宏、賴鼎銘。

至於，被藍委質疑原本就是專案諮詢小組成員，吳茂昆下午也澄清，他受邀從學術角度去檢視學倫的爭議，開第一次會後就出國，沒預料會接部長。