國民黨立委柯志恩3日再度爆料，指出教育部長吳茂昆在任職東華校長期間，也兼職陳水來文教基金會董事，卻未呈報給教育部核可，有違反《公務員服務法》14-3條的嫌疑；柯質疑，這樣的教育部長，自己都先「偷跑」，如何用同樣道德標準對待別人？

柯志恩3日在臉書指出，經她追查發現，吳茂昆在擔任東華校長（民國2012年2月～2016年1月）期間，確實曾於2015年8月呈報教育部多項兼職，但其呈報資料中，擔任陳水來文教基金會（董事長為慶富集團負責人陳慶男）董事，任期為2014年12月24日～2017年12月23日。

但柯志恩進一步核對該基金會3次異動日期2012年3月1日、2013年2月27日、2015年5月27日後發現，吳茂昆皆為董事。她說，明顯看出2012年、2013年、2014年期間，吳茂昆並未呈報經教育部許可。故而，教育部才會於2015年9月7日函覆東華大學時表示「案內所報兼職，部分係屬自2013年4月即已受聘，嗣後請確實依規定程序及時辦理報核程序。」

根據上述資料，在吳茂昆任職東華校長期間，有擔任董事漏報嫌疑。柯志恩批評，吳茂昆若非隱匿不報，就是未經核可就擔任董事多年，這樣的部長有何資格指控別人「偷跑」呢？

此外，柯承恩還質疑吳茂昆與慶富關係匪淺。當時承攬興建基隆海科館的慶陽海洋企業（為慶富子公司），原本預計斥資15億元興建、經營，並向土地銀行、高雄銀行等5間銀行聯貸9.5億元。但因慶陽卻未履行合約，導致興建工程延宕、跳票，館方及慶陽雙方產生契約糾紛。

為解決海科館的契約爭議，柯志恩指出，依「國立海洋科技博物館協調委員會組織章程」規定，海科館和慶陽雙方各推2名代表人，並經雙方同意協調，選任3名公正人士，共7人組成協調委員會；當時吳茂昆以東華大學校長身分擔任此案的協調委員（任期為2015年8月10日～2018年8月29日）。

柯志恩說，那時候大概就是吳茂昆汲汲營營於到美國成立師沛恩公司，並準備前往中國申請專利之際，「只能說，當時的吳校長真的好忙呀！只是不知他擔任『協調委員』的身分，究竟是慶陽的2名代表之一，還是雙方共推的3名公正人士之一？」

柯志恩諷刺，若是僅擔任協調委員，可看出吳茂昆真的「古道熱腸」，對慶富集團愛護有加、居間協調；若是擔任公正人士，就會讓人質疑他是否「假公正」？亦即名為「公正人士」，實際與慶富關係深厚。對於契約另一造海科館，知不知這位國立大學校長背後的關係？

整起契約糾紛，柯志恩說，或許因慶富挪用慶陽興建海生館的專款，才導致工程嚴重落後，到預定開館日，現場只見地基，實際工程進度不到25％；最後慶陽違約跳票，本案失敗收場，也造成土銀損失將近5億。2017年12月也經監察院調查後，對土銀和海科館均提出糾正。

柯志恩質疑，吳茂昆本身是慶富集團相關基金會董事，又擔任慶富子公司的協調委員，如此熱衷於為慶富排難解紛，他本身有無令人高度疑慮的道德問題？「口口聲聲以道德責人的吳部長該不該自清一下？」

吳茂昆3日出席立法院教育及文化委員會審議《幼兒教育及照顧法修正草案》時，有記者問到柯志恩對他的指控，吳僅表示，「今天只談修正草案，其餘不談。」（藍委嗆吳茂昆「拔管接教長，Dirty DPP」）