巴拿馬在2017年6月13日宣布與我國斷交，唯兩國間尚存在《台巴自由貿易協定》，也曾商討是否在巴拿馬設立商務辦事處。不過8日上午巴拿馬總統府秘書長阿雷曼證實，《台巴自由貿易協定》已失效，商務辦事處也不會設立。

對此，外交部表示，依照國際條約法基本原則，除非外交關係的存在是適用條約所不可少者，締約方斷絕外交關係並不影響條約效力。且《台巴自由貿易協定》訂有終止條款，終止聲明於通知另一締約國後180日開始生效，有關台巴FTA是否繼續有效，仍應依協定相關規定處理，但迄今並未正式接獲巴方正式通知啟動終止程序。

外交部並表示，巴方是否已片面終止該協定致我商權益受到影響，政府將進一步瞭解、查證，並將依據國際法，循正當程序，主張我國合法權利。

巴拿馬外交部法條司副司長納迪亞．蒙特尼格羅8日在外交部的「巴中新經濟、外交關係」座談會上討論《台巴自由貿易協定》進展時，被問到台灣和巴拿馬是否會互設商務辦事處，她說依照巴雷拉總統的一個中國政策，「將不會考慮和台灣開展任何官方關係。」

中國駐巴大使魏強在會後答覆記者提問有關《台巴自由貿易協定》是否仍然有效時表示，依照建交公報，「巴拿馬和台灣的官方聯繫已經成為過去。」

巴拿馬於2017年6月3日與中國建交，同時宣布與我國交，並撤除駐巴大使館。不過由於台巴商業往來頻繁，巴拿馬不止一次表示有興趣和我方維持經貿關係，甚至希望我方留下，變更名義繼續運作，促進實質關係。

巴拿馬外交部去年7月曾公告與台灣所簽的一切條約等，在巴拿馬承認「一個中國」時就已失效，不過雙方簽署的《台巴自由貿易協定》還是有效，如今卻又生變。

台巴在1910年至2017年有正式外交關係，其歷史可追溯至清朝宣統元年，在中華民國建立以及遷至台灣後，始終維持外交關係；《台巴自由貿易協定》則在2004年1月1日起正式實施。（立院審軍人年改直播）