教育部長吳茂昆上任後爭議不斷，今請辭獲准。有媒體引述「內幕人士」說法驚爆吳是「被請辭」，因行政院長賴清德主動出手，要求吳提出辭呈。賴清德下午受訪表示，吳茂昆上周末透過行政院祕書長卓榮泰向他請辭，兩人並在今早通了電話，「贊成他以『一樣的標準』檢驗自己的理念」，因此接受吳請辭。

吳茂昆擔任教育部長僅41天，創下任期最短教長的紀錄。網路媒體《放言》報導稱，內幕人士指出，是賴清德主動出手要求吳提出辭呈。但遭行政院駁斥，強調吳是自行請辭，勿自行猜測。由於今天是立法院本會期法定會期內的最後一次院會，賴依慣例前往立院致意，在會前受訪時說明吳請辭原因。

賴清德指出，吳茂昆2005年10月擔任國科會主委期間，向行政院請假出席當時在中國舉行的兩場國際會議。吳參加完首場在蘇州舉行的學術會議後，應恩師朱經武邀請，利用周末前往浙江，參加由香港科技大學與浙江大學所舉辦的國際學術高峰會。該場會議除了朱經武之外，也有國際諾貝爾得主，以及各國科技政策負責人。

賴清德說，吳茂昆直到最近才知道，當時行政院只准他參加第一場學術會議。身為教育部長，吳認為應用同一標準，甚至更高道德標準來檢驗自己，希望辭去教長職務止住紛爭，讓教育部的工作能順利推展。

至於繼任教長人選，賴清德表示，目前先由次長代理，擇期再向社會大眾報告。