行政院為了籌措長照計劃財源，近期把矛頭指向菸稅，而目前每包香菸加徵款項是「菸捐大於菸稅」，長期被認為比例失衡。行政院政務委員林萬億將打破此一現況，改為「菸稅大於菸捐」，目前正由主計部、財政部、衛福部三單位研議方案，預料未來菸價也將繼續漲。

目前政府對香菸課徵菸捐及菸稅，菸捐現在是20元，菸稅為11.8元，已近7年未調漲。馬政府時代，在2009年調整過一次，之後前國健署署長邱淑媞規劃一次漲25元，分別是菸捐漲20元、菸稅漲5元，不斷遊說立法院審查法案，但剛好都適逢大選期間，法案都未過。

菸稅歸財政部統籌統支，菸捐則給衛生署用於健保、菸害防制等，因此菸稅與菸捐的比例，到底該如何訂定？一直是財政部、衛生署兩方檯面下的角力戰。立法院也有「菸稅派」立委，站在財政部立場，主張調高菸稅，以挹注國庫統收統支；「菸捐派」則維護衛福部，要求調漲菸捐，專款專用於全民健保、社會福利、菸害防制等項目上。

菸稅、菸捐長期以來總是喬不定，林萬億表示，衛福部管健康捐、財政部管《菸酒稅法》，立法院的版本都是菸捐高於菸稅，不過民進黨立委普遍認為「稅應大於捐」，因此稅與捐到底要如何分配，他已指示主計處、財政部、衛福部，參考國際標準等原則去評估，端出最佳分配原則。

未來菸稅將挹注至長照計劃，林萬億表示，抽菸的人繳比較多的稅，但扣稅要扣得讓人心服口服。菸捐長期被外界認為是衛福部的「小金庫」，應回到國家稅收體制，用於發展長照計劃，更能說服人。

對於新政府將調漲菸價，台灣菸權會理事長陳麒安表示，每次政府喊要漲菸價，菸商就會從中提高價格。陳麒安說，他們當然反對調漲菸價，但即使要漲，菸稅調幅程度也要比菸捐高，由財政部徵收菸稅，再統籌統支運用，比較健康。

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