台大9日上午召開校務會議，一樣由代理校長郭大維主持，不過相較於前幾次校務會議，這次會議的熱度明顯不若以往，直到上午9點30分，會議座位大概仍空了1/3。在郭大維簡短報告近期校務發展後，由主秘林達德針對台大日前提出訴願的相關進度做說明，其中在法律爭點部分，除了獨董之資訊揭露與遴選程序組織是否有違正當行政程序外，訴願內容並指出，一樣都是發生校長遴選爭議，但教育部對陽明大學與台大的差別待遇有違反平等原則，強調這三點是台大要據理力爭的部分。

林達德指出，在收到教育部公文一個月內，台大在6月4日委請律師正式提出了訴願，內容指出，台大期望透過行政救濟釐清爭議以及大學自主的範疇，並全力以司法程序來促使教育部依法聘任新任校長，台大也必須堅守大學自主，維護台灣高等教育的發展。

至於救濟程序以及預計時程，在訴願的部分預計為3個月，但必要時得再加2個月到5個月，若訴願成功，那新校長便可以上任；但若失敗，則必須進入行政訴訟一審，預計時程將會長達6個月到1年，若走到行政訴訟二審，也得再花上約6個月的時間。林達德指出，假使最後都沒辦法成功的話，則必須走上釋憲一路，其花費時間則需看案件性質以及受矚目程度而定，如果案件引起較多大法官注意，那麼時間大概花上6個月到1年。

不過對於台大已經提起訴願，校務會議代表電機系張時中首先發言指出，他希望校方能提供訴願書，讓大家知道台大對此事的論述，而非從新聞上看到模糊的報導，該發言卻引來農經系教授官俊榮的反彈，認為上次在會議上已經有了共識，由校方統一負責，但張時中繼續補充，他不能認同這樣的說法，「就好像校務會議開了一張空白支票給校長隨便填」，他認為，台大要開大門走大路，他支持學校的行政團隊，但應該也讓學校的校務會議代表都有知的權利。

對此，郭大維回應表示，因為已經進入到司法程序，因此在訴訟策略上要小心一點，但針對校務會議代表提出的要求，會與律師討論，只要不是密件的部分都會盡量提供給代表，訴願書也會請教律師，若沒問題，將會一併提供。