潛艦國造IDS的戰鬥系統規劃，日前傳出美商洛克希德馬丁公司對於IDS提規劃書的期程有不同看法，據指出，海軍與洛馬對於中科院專案小組選配多項次系統裝備組件，都是特殊規格並要求系統來配合，被戲稱「哪有蓋房子前先選家具，然後要求房子的結構空間設計是以家具為中心來配合」，再次被海軍質疑中科院專案小組的專業性，還是另有其他目的。

知情人士指出，因洛馬公司已執行海軍劍龍級潛艦延壽案（性能提升），其整合劍龍級潛艦項目包括「電戰系統提升案（以色列）」、「MK-48 ADCAP長程魚雷案」、「儎台及機電系統整合更新案」及「戰鬥系統提升案（美商洛馬）」，同時將原有的潛射魚叉反艦飛彈系統併聯到戰系中，工程進行得相當順利；因此洛馬認為若IDS戰系依此為藍本，不但建造與整合是安全可靠，不容易出狀況，海軍潛艦官兵可先在延壽後的劍龍級潛艦操作運作，當首艘IDS於2024年建造完成並下水進行海試時，IDS對海軍是熟悉的全新裝備，IDS的設計與建造的進行是可以事半功倍。

中科院戰系規劃預算8億多元

該名人士表示，若要一個全新設計的柴電潛艦，以先進數位化戰鬥系統來搭配先進的聲納系統，整合MK-48 ADCAP長程魚雷、潛射魚叉反艦飛彈等系統，全新的設計自然風險高，畢竟規劃與實際運作一定會有落差，要不斷地修改；目前IDS設計標預算是近26億元，中科院負責戰系規劃預算為8億多元，此經費是否能支應全新且先進的戰系規劃還是個未知數。另外，IDS除代表潛艦國造國防自主意義外，真正是要提升海軍的水下戰力，因此首艘IDS還是以穩當可靠的設計比較符合現階段的需求。

例如空軍執行的F-16戰機性能提升案，當初決定由原製造商洛馬公司提出成熟通過測試的AN/APG-83型主動相控陣列（AESA）雷達，雖不是最先進但符合我空軍使用，因此空軍是全球最先採用此一系統，反觀韓國空軍的F-16性能提升案，因採用BAE公司提出全新且功能最先進的AESA雷達，因沒有實際測驗，等開始運作計算成本時，BAE公司不斷將預算提高，最後韓國空軍受不了，停止履約並採法律訴訟來結束此案，最後還是回頭以軍售方式找原廠洛馬公司進行性能提升。

該名人士也以空軍IDF戰機性能提升案（翔展計劃）為例，當時漢翔公司將GD53射控雷達更新，新射控雷達也是交由洛馬所屬的公司來更新，其中包括組合雷達模式（CRM）、追蹤目標盲區指示器（NOTCH Zone Indicator）、掃瞄同時追蹤模式（TWS）自動掃瞄調整搜索目標，絕對高度與速度向量顯示增設飛行軌跡記錄器與故障診斷系統，以及GD-53射控雷達的電子反制功能（ECCM）增強等五項，前四項都是由洛馬公司來進行，當初漢翔認為第五項ECCM增強有能力自行更新，但洛馬表達這是一個套裝更新，一起進行會比較省時並省經費，但漢翔堅持第五項要自行更新，結果空軍規劃的時程內，洛馬公司已將其他四項完成更新，但漢翔就是交不出來，不得已再找上洛馬後，因是單獨更新，所以報價比當初多了五倍以上，這也讓漢翔了解許多系統不是有規劃就能執行的。

另外，中科院在戰系次系統裝備的組件上，提出多項特殊規格的組件，並要求系統要配合這些組件，這也被海軍與洛馬公司質疑中科院選用的動機不單純，據指出，中科院研發武器系統除飛彈系列比起先進國家毫不遜色之外，但其他部分裝備都有待商榷，例如從陸軍移編海軍的銳鳶無人機系統，除了採用了義大利製造的引擎外，該引擎居然只使用該公司生產的柴油，這讓銳鳶無人機的風險相當高，加上部分零件廠商已經消失，後續生產維修的著落和專業性有問題，因此這次中科院又提出多項特殊規格的組件，讓海軍與洛馬公司質疑其選配的真正目的。