台北市長柯文哲曾表示，兩岸一家親就是現階段基調，但太陽花學運領袖林飛帆20日向國際政論刊物《外交家》雜誌刊登投書，文中直指柯文哲支持「兩岸一家親」核心概念，無疑已開啟北京滲透台灣政治體制的開端。

林飛帆在「台灣是否會再次掉入『一中』陷阱?」投書中率先指出，相對於無「統一」期望的蔡政府，中國對柯文哲的表態表示歡迎，這表明「兩岸一家親」的概念，被賦予了比一般人想像的更為關鍵的地位。他指在柯文哲支持「兩岸一家親」、「兩岸命運共同體」的同時，無疑已開啟北京滲透台灣政治體制的開端。

文中提及，中國政府一直強調兩岸之間的「親屬關係」，從過去的中國領導人江澤民、胡錦濤，再到現在的中國國家主席習近平都廣泛使用了這一理念；且「兩岸一家親」為習近平對台的重要策略，如果「九二共識」體現了北京對台灣的主權主張，那麼「兩岸一家親」就是在履行中國的民族主義，表明海峽兩岸只有一個國家。

林飛帆表示，台灣地方選舉如中央政府的期中考，所以首都市長在兩岸關係勢必重要，而柯文哲民調顯示的高人氣，已引起北京關注，例如中國《央視》對柯文哲進行了正面報導，可以說是北京對柯文哲的公開支持

此外，他形容柯文哲為國民黨轉世，柯認為接受「兩岸一家親」的概念，即是務實的幫助台灣的想法是錯誤的。台灣站在面對中國威權擴張的前線，如何表態說實在也會牽動地緣政治格局，因為這種論點將可能會進一步混淆國際社會對台灣的看法，或將台灣與中國間的紛擾視為「家庭爭端」。

林飛帆呼籲，國際社會甚至台灣自身都不應該再把兩岸關係當作「兩岸事務」（一中框架）處理，而是應該放在地緣政治與國際秩序的框架下理解。同時，也希望台灣能夠再次進入昔日權威大國的軌道。（陳水扁諷：「選對會」變「選錯會」）