洪仲丘事件中，負責執行洪關禁閉的269旅前旅長楊方漢等10名軍士官，也遭控妨害自由起訴，一審認為楊等人是接受542旅委託來執行洪的關禁閉悔過，本身沒有剝奪洪行動自由的故意，因此判決無罪，檢方不服提起上訴。今二審維持原判決，全案仍可上訴。

檢方起訴理由為，269旅的張佳雯等6人明知《國軍資通安全獎懲規定》中，士官攜帶照相型手機、mp3等入營，僅能處申誡，不得施以悔過處分，卻仍蓋章同意將洪帶到269旅禁閉室悔過。楊方漢等4人則是知道542旅送來的公文有所缺漏，卻仍讓洪進悔過室，涉嫌妨害自由。

高院認為，張佳雯等6人雖有疏失，但不足以證明他們主觀有對洪施以法定種類外的犯意。高院判決指出，楊方漢等4人在簽核時，542旅已附上懲處人事評審會紀錄及洪的懲處令、體格分類檢查表等文件，形式上符合禁閉室實施規定應附的檢驗文件。且楊等4人在批核前，並未對洪的懲處有積極作為，不能證明對剝奪洪的行動自由有所預見或不違背其意，從證據上，無法認定楊等4人有假借公務員權力私行拘禁。因此，高院駁回檢方上訴，仍維持原審無罪判決。