九合一選舉民進黨慘敗，行政院長賴清德和府秘書長陳菊在24日開票結果出爐後，隨即向總統蔡英文請辭，之後兩人獲得慰留，引發各方質疑，賴揆在選後一週，1日邀集閣員召開「政策檢討會議」，會後政院宣布環保署長李應元、農委會主委林聰賢和交通部長吳宏謀請辭獲准。黨政知情人士透露，三位閣員的請辭獲准，是為了呼應民進黨團立委們選後對政府政策不滿的檢討聲浪，至於外界要求內閣總辭的聲音，賴清德其實心裡有譜，他和陳菊兩人均未打消辭意，已打定主意，政府總預算案在立院通過後就離開，亦即明年初將內閣總辭，蔡英文如果想要將兩人繼續留在政府團隊內，恐怕得再加把勁了。

賴、菊接受慰留　蔡其昌：短時間穩定政局

對於賴清德和陳菊至今未打消辭意，只是在等待本會期總預算案通過就請辭的說法，和兩人同屬民進黨新系且頗有私交的立法院副院長蔡其昌並未否認，他僅表示，民進黨在敗選後，賴清德和陳菊因總統極力婉留而同意留下來，是因為府院黨有很多問題，他們兩人讓政府在「短時間穩定下來」。蔡其昌說，兩人都不是戀棧的人，不可能想留，兩個人都要走，但是總統一直勸說，直言「都是她的錯」，兩人在選後短時間內都離開，「對國家整體也不是什麼好事」，因此他們才決定留下來，「先穩一下」，「但對清德來說，只是過渡」。

為敗選止血　府、院、黨要全面調整​

九合一選舉結束，總統蔡英文第一時間辭去民進黨主席，總統府秘書長陳菊和行政院長賴清德也隨後向總統請辭，之後兩人接受慰留。賴清德日前在立法院坦言，會有內閣改組。在黨政知情人士透露，非僅內閣在選後會立即回應民意，有而局部調整，事實上，連府秘書長陳菊和行政院長賴清德也會呼應民間和黨內希望府、院、黨全面調整的聲音，「陳菊和賴清德始終未打消辭意，只是為了幫總統穩住政局，也給總統處理和因應時間，才暫時留任」。

黨內知情人士說 ，陳菊和賴清德兩人都是愛惜羽毛的人，陳菊已打算請辭後回高雄努力，賴清德也想沈澱一下，大家都是為了讓政局「先穩一下」。

賴清德在民進黨大潰敗一周後，1日下午2點半召開檢討會，政院知情人士透露，實際上，李應元、林聰賢和吳宏謀三人已在上午十一時許陸續接獲院長室通知，要他們提前一小時到行政院和賴揆一談，因此在2點半檢討會召開前，李應元等三人已經心裡有底，在之後召開的會議中，將為敗選負起政治責任離開內閣。

民進黨大潰敗  蔡政府政策不接地氣

實際上，就一個禮拜以來，民進黨立委們向總統和賴揆反映此次民進黨大潰敗的最大原因，就是民進黨政府的政策不接地氣，這也是三位閣員離開的緣由。民進黨多位立委表示，除了年金改革讓原本就不太支持民進黨的軍公教現職及退休人員引起更大反彈；如《勞基法》一例一休的修法、《空污法》涉及老車汰換問題，都將中南部原本的綠營鐵票—基層勞工族群推開；再加上，頻頻發生農產品盛產滯銷，農委會苦無對策因應，力挺前北農總經理吳音寧更是讓年輕族群對民進黨失望。

相關部會的各種政策失誤，讓民進黨不過執政短短二年多，基層就已普遍失望，如今連府、院、黨大改組都不見得能止血。四年前，民進黨拜太陽花學運之賜，在地方選舉大獲全勝，四年後，基層也興起一股「給民進黨教訓」的風潮，終於讓民進黨在此次九合一選舉中大潰敗。