立法院外交國防委員會審查108年度國防部預算時，因立委對海軍代號「鴻運計劃」新型兩棲船塢運輸艦追加10億3476萬元沒有印象，一度質疑國防部是偷渡此預算，也對相同是追加預算的量產首批沱江艦案質疑是浮編，朝野立委對這兩個追加預算有相當多意見，軍方人士表示，這兩個增列預算案是依法報國防部核定後增列，以新的預算額度由立法院審查，並無違規的情事。但鴻運案是4度流標後檢討增加艦體建造預算後，才順利執行；與量產沱江艦案委由中科院後，在還未開標前就增列預算，是不同的方式。

海軍「鴻運計畫」案　經4度流標檢討增艦體建造預算

在立法院預算中心對108年國防預算評估報告指出，海軍「籌獲新型兩棲船塢運輸艦第二階段」計畫：該計畫於106年籌編62億9,736萬4千元預算，106(2017)年7月開始進行招標，但歷經4度流標後，海軍司令部修訂整體獲得規劃書，報國防部核定後，將辦理期程延後一年（屆期由110年延為111年）外，計畫總經費亦由62億9,736萬4千元提高為73億3,212萬4千元，經費增列10億3,476萬元。而這增列的預算是用於建造艦體部分，107(2018)年3月8日由台船公司以46億3576萬元得標。

「沱江艦案」委中科院辦理　未開標前就增列預算 

但量產沱江艦案則是不同，該份評估報告指該計畫自106年度開始編列144億3,444萬7千元預算，但國防部於107年3月30日令頒「重大國防軍備籌建精進作法指導綱要計畫」，將籌獲方式由「儎台商購、戰系委製」調整為全案委中科院辦理，預算提高為164億205萬4千元，增列經費19億6,760萬7千元，海軍司令部於107年7月25日與中科院完成委製協議書簽署。

根據國防部在7月30日貼出決標公告，是以161億3937萬元委由中科院辦理，沱江艦的量產案，但外界是在中科院於11月14日以新聞稿發布龍德造船得標後，但新聞稿內並未說明艦體建造的得標價格，這就有違資訊透明化的原則。

在目前國軍對外的採購，無論是與美國軍售案，或是國內任何採購案，都會清楚的將得標金額列出，而海軍鴻運計劃是經4度流標後，依規定重新檢討並訂出符合市場需求，才去增列預算來執行，並在決標時公告其價格，資訊是公開透明讓大眾知曉。

但量產沱江艦則是從海軍辦理儎台招標與戰系交中科院委製方式，改由中科院統籌後就增列預算，加上中科院法人化後，不受政府採購法公開招標的限制，因此只要內部以邀商方式來辦理評選，但此辦理方式不透明，若稍有不慎，容易發生弊案。對此軍方也認為，國防部委中科院的案子，若不涉及機密案，如艦體儎台建造案等，也應採公開招標，資訊公開透明，才能排除外界的疑慮。