針對國安局走私菸一案，蔡英文總統25日首度公開回應表示，這長期累積下來的陋習讓人無法接受，希望司法機關徹底清查，所有相關單位也必須全力配合調查，並且，已要求國安局長邱國正一周內提出完整的檢討報告。

蔡英文25日出席「2019亞洲生技大會」開幕典禮，活動結束後接受媒體聯訪時，首度針對國安局特勤人員菸品走私案發表聲明；蔡英文重申，第一時間便已做出內部檢討和人事調整，並就特勤人員的管理與紀律問題，要求國安局新任的邱國正局長，在進行通盤了解後，於一周內提出報告。

蔡英文還特別強調，這次為期12天的出訪，成果相當豐碩，處在第一線的外交人員也都非常辛苦；因為此事導致努力因此失焦，甚至掩蓋成果，對此表達歉意，希望社會能給予肯定。

其中，針對外界質疑華航高層多為民進黨相關人士，是否有「寄生華航」的疑慮，蔡英文表示，人事部分跟事件本身並沒有有必然關係，希望各界注意後續發展，聚焦於整起事件的前因後果。

此外，對於私菸案是否會間接影響選情，蔡英文強調，一個執政者最重要的責任就是把工作做好，現在主要面對的問題，是如何處理這長久以來累積的陋習；既然發生了，就要把它處理好，將來不要重蹈覆轍，這是身為一個總統的責任。

另外，對於國民黨團總召曾銘宗指控，總統辦公室與陳菊祕書長辦公室的相關同仁也涉及此案。蔡英文表示，由於車輛需求很大，車子皆是統一調度，陳菊辦公室更已在稍早澄清並無此事，請各界嚴肅以對，在野黨切勿旁生枝節、含沙射影。

於會後，蔡英文重申，此一事件顯示出的，是國家體制、管理機制和執行法律的鬆散，相關單位都必須全力配合司法機關進行調查，以期盡速釐清案情。（【快訊】蔡英文先遣隨扈車隊車禍）