在太陽花運動期間，群眾因占領行政院與警方發生衝突，導致多名參與者受傷，其中有23人提起自訴，控告時任總統馬英九、行政院長江宜樺，警政署長王卓鈞、中正一分局長方仰寧4人涉犯殺人未遂等罪。

台北地院兩度以程序理由駁回自訴。二審於今年3月發回北院更審。北院30日召開更二審，馬英九等4人皆以報告身份出庭，4人在庭中皆稱「我無罪」。馬英九表示，依法驅離不需總統下令，因此群眾指控的罪嫌不符事實。

馬英九在庭中指出，當時參加學運的數百名學生在3月18日晚上衝進立法院占領議場24天，要求行政院撤回送至立法院備查的《兩岸服務貿易協議》，並制定《兩岸協議監督條例》。他在3月23日上午，召開記者會，肯定年輕人關心國事，但他認為實踐民主不必犧牲法治與社會秩序。

馬英九表示在23日晚間，數千名群眾以暴力方式，違法闖入行政院，並破壞門窗，進入一、二樓辦公室，準備占領後阻撓第二天公務員上班，癱瘓中央政府。馬英九說，這在任何民主法治國家都無法容忍，政府有責任勸離或驅離群眾，以維護國家最高行政機關安全與社會秩序。他認為，這是合法、必要、而且符和多數民意期待。

馬英九稱，當時北市警局主動依法勸離或驅離，以恢復行政院的安寧秩序，是正確的作法，也符合警察機關處理群眾事件的標準作業程序（SOP），不需要由總統下令。

他認為，自訴人周榮宗在103年4月1日刑事自訴狀中指控他當時下令行政院長江宜樺以武力驅離群眾，造成民眾受傷、流血，所以構成「殺人未遂」等罪嫌，他說：「這完全不是事實，因此，我無罪。」