中科院研製的各式飛彈性能是享有盛名，其反艦的雄風系列飛彈，空對空天劍系列飛彈以及天弓防空飛彈都是三軍制式裝備，從防空飛彈指揮部從參謀本部移編到空軍後，空軍所轄下各單位所使用中科院研製飛彈就有天劍系列、天弓防空飛彈、雄二E巡弋飛彈、萬劍彈與「劍翔」反幅射無人載具系統等，加上開始啟動的雲峰中程飛彈，研發中的騰雲大型無人機，空軍就成為中科院的最大用戶。

據指出，雖然空軍是中科院最大的用戶，但兩者關係並不緊密，例如曾發生空軍委中科院研製關鍵組件案，因中科院問題發生延遲情事，要求空軍展延期程，在遭立法院檢討預算運用不確實時，卻將延遲責任指向空軍，讓空軍吃暗虧。空軍內部已有共識，只要是中科院的案子都會依作戰需求與規格來嚴格把關。

案子推遲、預算卸責　中科院害空軍踩雷多次

據了解，中科院研製的武器裝備，只要是國際間有同性質的裝備產品，且已部署運用，空軍都會搜集相關資料來進行比較，例如騰雲大型無人機的量產案，要空軍買單編列預算來生產，雖舊型騰雲無人機規格參考美軍服役的MQ-9「死神」無人偵察機（MQ-9 Reaper），因引擎發動機的推力不足問題，造成空中巡航時間受限，且功能只有偵蒐的性能；經空軍評估無法接受這樣的裝備，經國防部同意後，才另編預算來研發符合空軍作戰需求的新型騰雲無人機。

萬劍彈補考「卡卡」　空軍慎重延後增購計畫

再者，被認為性能與美軍現役AGM-154聯合遙攻武器（JSOW）相當的「萬劍彈」，也是在多次國軍精準射擊實彈驗證中，出了多次狀況，雖然補考勉強「及格」，但空軍對其可靠度是打了個問號，也讓整個增購計畫往後展延，待各項測試都穩定後才作決定。

據了解，空軍未來除加入66架F-16C/D型 Block 70/72戰機之外，大部分的武器裝備採購多以中科院為主，例如己完成天弓三型防空飛彈性能提升案，已編列130億餘元預算，6年內生產104架的「劍翔」反輻射無人機載具系統，IDF戰機劍二空對空中程飛彈性能提升案，甚至強化機場低空防衛採購陸基型劍二飛彈系統等，若再加入已啟動的雲峰中程飛彈，空軍未來還是中科院最大的用戶，兩者雖為委製案發生一些矛盾，但基於未來空軍仍是大用戶，雙方互動更多後，許多不必要的誤會或許可以消除。