本報根據知情人士指出，中科院在《國家機密保護法》修法通過後，主動發文給移民署出入境管理局，說明依法與維護員工權益，要求將中科院通報幾千位列管人員名單從出入境電腦資料庫中下線，由中科院自行管制，此舉使得國門無法有效管制中科院員工出入境長達5個月，恐成國安漏洞。針對上述情事，國防部及中科院6日分別發表聲明指出，均依法實施嚴密管制。

國防部及中科院指出，因應國家機密保護法第26條於5月12日修正公布施行，將原涉及國家機密人員管制出境年限，自「3年以下」延長為「最少管制3年」，中科院是依《國家機密保護法》第5條「精準核密」原則，重新辦理涉密人員清查作業。

而國防部配合上述法令修正，已在5月起，針對涉密人員境管作法，召開4次執行作業會議，督導中科院依法重新檢討接觸國家機密人員計1516人，已完成涉密人員檔案上傳，並針對實際參與機密專案人員，調整出入境納管年限，其餘未涉及國家機密人員，則依該院保護營業秘密之內控機制，實施嚴密管制。

國防部強調，對中科院均有嚴密管控機制，並無媒體所述「出國管制出現漏洞」情事。此外，中科院出國人員，仍依相關規定實施管控，確保國家機密安全，敬請國人放心。

中科院則表示，已依法於2019年9月24日函送國防部及各軍種辦理核定作業，重新辦理1516名接密人員，並持續滾動檢討納管涉密參與實況。而其餘未涉及國防秘密人員，則依中科院保護營業秘密之內控機制嚴密控管。

中科院聲明指出，為確保國家機密、維護員工合法權益及落實依法行政立場，重新清查期間仍維持內部管控機制，出國須經主管核准，返國後查驗護照機票等紀錄；此期間原涉密境管人員並無未經申請核准，私自出境或進入大陸地區的脫管情事。（利稻小熊體重不足暫時照養）