陳菊任職高雄市長期間，時任高市環境保護局局長李穆生因涉及公務員洩密案，2018年高雄法院判處1年2個月徒刑，並可易科罰金。先前8月監察院通過彈劾，30日公務員懲戒委員會判決撤職並停任公務員一年。

李穆生是中山大學環境工程研究所博士，1989年公務人員環境工程高考榜首，在台南縣前縣長陳唐山、蘇煥智任內當了8年環保局長，任內涉及兩弊案，最後都獲判無罪，爾後被陳菊延攬為高雄環保局局長。

自2009年9月8日起至2012年7月31日李穆生任期間辦理3件勞務採購招標案，先後承辦「街道揚塵洗街計畫」、「室內空品暨餐飲業輔導計畫」、「農地控制場址污染改善暨驗證計畫」，任由廠商參與勾選評選委員名單事務，又洩漏尚未公開的政府採購招標文件內容，濫權讓特定廠商預先得知招標文件秘密。

2012年8月據《壹週刊》報導，特偵組偵辦林益世收賄案，發現李穆生和地勇選礦公司負責人陳啟祥關係一度極佳，直到李穆生疑向陳索賄五千萬未果，雙方關係才交惡。消息被爆出後，李穆生為證明清白，向時任高雄市長陳菊請辭。

2014年洩密案爆發後，李穆生於庭上否認收賄及洩漏委員名單，僅坦承廠商確實曾透過友人安排拜訪，但他未提供廠商任何幫助，也無私下的金錢往來。他同時宣稱此風波為張姓友人在外招搖斂財，因用人不當才捲入此案件。

2018年高雄法院判處李穆生1年2個月徒刑，並可易科罰金。8月監察院再通過彈劾案，30日公布判決，監委對此指出，縱使遴選名單並非最終名單，但廠商如果知道這些資料，可預先和他們不當接觸，李穆生還讓廠商直接挑選評委，再配合做遴選建議，以利這些對廠商友好的評委獲選。

監委認為，李穆生知法犯法，犯後並一再卸責、推給同案被告，認為他法治觀念偏差、沒有悔意，嚴重損害政府形象，因此通過彈劾。

據《聯合》報導指出，10月17日言詞辯論時，李穆生與監院代表到場陳述意見。公懲會認為，無法推翻刑事判決的認定事實，李穆生在過程中爭執本案是否「情節重大」，公懲會則認為，不能以當時高市政府先予停職來認定，因此判決撤職並停任公務員一年。（嚴德發：不影響總統維安）