前立委邱毅退出國民黨不分區立委名單後，轉列新黨不分區立委第一，針對台北市長柯文哲批評為「共產黨提名的」，邱毅與新黨25日上午，前往台北地檢署提告柯涉嫌誹謗及違反《選罷法》意圖使人不當選罪，柯文哲則表示，他只是比較老實。

各黨不分區立委名單近日成為社會關注的焦點，支持兩岸統一的邱毅在退出國民黨名單後，成為新黨不分區排名第一，柯文哲在23日直言，這個看起來很像共產黨提名的，邱可以在國民黨提名，也可以在新黨提名，表示國台辦對這兩個黨的控制力還不錯。

對此，新黨及邱毅在25日上午在律師陳麗玲陪同下提告，邱毅指出，柯文哲無憑無據、信口開河，不僅是對我個人的污辱，也是對新黨的攻擊。

「柯文哲明明知道被人家抹黑、抹紅的痛苦，卻沒辦法用同理心去對待。」邱毅批評，柯常說自己被人「抹黑」、「抹紅」，卻沒辦法用同理心相待他人，這樣的肚量、偏狹想法，真的是歎為觀止，並也表示，柯若有點悔意，不需要公開道歉，私底下打個電話就可以了。

柯文哲25日上午出席「稻香合署大樓新建工程」動土典禮，會前媒體問及邱毅提告一事，柯文哲回應，國民黨做出對自己不利的事情，當時就想說，後面是誰在影響，邱毅就更有趣，一下子在國民黨、一下子在新黨，可以同時影響國民黨跟新黨的幕後老闆，猜也猜得到。

而共產黨提名一說，他坦言，自己只是講出大家想法，就比較白目講出來，大家心裡面都是這樣想，並沒有意圖讓人不當選，只是比較老實。（蔡壁如不反對總統投廢票替柯「保溫」）