元旦升旗典禮1日在總統府前登場，蔡英文總統手持中華民國國旗，民眾歡呼聲不斷，蔡英文在總統府內的2020新年談話中針對《反滲透法》回應，她強調，《反滲透法》的通過，不會影響自由、不會侵犯人權，不會影響正常經貿交流，它只會讓台灣的民主自由更受保障。

2020年元旦總統府升旗典禮以「2020攜手同心 台灣前進」為活動精神，蔡英文穿著灰色上衣、黑色外套現身，左手則緊緊拿著國旗，唱完整首國歌，上午約8點30分，蔡英文在總統府內發表2020新年談話。

蔡英文表示，元旦這天，也有許多新的政策上路，除提及4年來的政績，基本薪資調升、托育補助，她希望所有的國人都能受到最好的照顧，「每一年，受到政府照顧的人都要更多，這是我對自己的期許」。

談及交通，蔡英文感謝行政院長蘇貞昌，指出「南迴改」剛剛通車，「蘇花改」跟「西濱快速道路」也準備全線通車，大家盼望了好久的安心回家的路，終於實現了，去一年，行政團隊在蘇貞昌的領導下，做出了有感的好成績。

「2019年首度出現幾十年來，規模最龐大的台商回臺投資」，蔡英文點明，2019年台灣經濟成長更回到四小龍的第一名，股市萬點已經成為常態，外商看好台灣經濟前景，也大幅加碼投資，未來4年，要努力再創造一次經濟起飛的奇蹟，建立一個人民可以普遍受惠、普遍有感的新經濟模式，

對於兩岸關係，蔡英文批評，香港政府的濫權，已讓「一國兩制」信用破產，台灣不可能接受「一國兩制」，並提出4個認知，破壞台海現狀的是中國、中國利用「九二共識」，正在掏空中華民國、不能以主權交換短期經濟利益、要警覺中國正全面滲透並分化台灣社會，全體國人、政黨若能在4個認知達成共識，中華民國台灣，將形成一股無比巨大的團結力量。

「它只會讓台灣的民主自由更受保障」，針對近期爭議不斷的《反滲透法》。

蔡英文承諾，《反滲透法》的通過，不會影響自由、不會侵犯人權，只會保障台灣的民主自由，反滲透，不是反交流。兩岸之間的正常交流和往來，都不會被這個法案所影響。（北京網媒「大師鏈」宣布放棄台灣市場）