中國武漢爆發的新型冠狀病毒（2019-nCoV，又稱武漢肺炎）疫情嚴峻，截至10日上午11時，全球確診病例已高達40161例，累積死亡人數為905人，其中僅一死亡個案在中國境外；中國全境確診病例達39829例。台灣目前則有18件確診。

《菲律賓星報》（philstar）報導，菲律賓衛生部9日向媒體證實，根據世界衛生組織（WHO）的規範，將台灣視為「中國的一部分」，早從7日起、就適用總統杜特蒂（Rodrigo Duterte）簽發的旅遊禁令，許多欲從台灣前往菲國的外籍人士都被拒絕入境。

衛生部發言人多明哥（Eric Domingo）表示，「如果你打開世衛的防疫地圖，並查詢相關確診案例，台灣一直都被納入中國之內。打從我們發布禁令開始，台灣就在限制範圍之中，從今天開始將強制執行。」

DOH) Undersecretary Eric Domingo explained that since President Rodrigo Duterte and IATF’s resolution includes China, and since the World Health Organization (WHO) follows the One-China policy, Taiwan is included in the China travel ban. https://t.co/RMez6HnYLv pic.twitter.com/lSG5pTgSnE

— Inquirer (@inquirerdotnet) February 10, 2020

Taiwan added to areas included in Philippine travel ban effective Feb 10, 9:50pm. Here’s a memo addressed to Immigration supervisors:#coronvirus pic.twitter.com/VQ6eK19M2u

— Jacque Manabat (@jacquemanabat) February 10, 2020

雖然我國外交部10日晚間發出聲明，極力否認有類似事件。

但菲律賓民航委員會（CAB）卻在晚間上傳一份命令，要求航空公司遵照2日總統杜特蒂頒布的臨時旅行禁令，並將台灣一併「納入」適用範圍。

目前菲律賓有兩種禁令，一是禁止本國人民飛往中國、香港與澳門特別行政區；二則是禁止14天內曾造訪中國港澳的外籍旅客入境。

民航委員會的新命令中，提到禁令適用的三種狀況：

1. 拒絕任何直接來自中港澳台四地的各國訪客，除了持有菲律賓護照或永久居留權者。

2. 禁止任何14天內，曾訪問中港澳台的各國訪客入境，菲律賓公民與永久居民除外。

3. 暫時禁止菲國公民出國前往中港澳台。

面對這混沌的局勢，擁有多條來往台灣與菲律賓的宿霧太平洋航空（Cebu Pacific）也發出聲明，11日往返台北與馬尼拉的航班暫時取消，並另行等候官方通知。菲律賓航空也透過官方臉書發文，遵照政府的新命令指示，取消旗下所有來往台北與馬尼拉的航班。

#CebAdvisory
Cebu Pacific Advisory
Travel between Taiwan and the Philippines
As of February 10, 2020 (11:00pm)https://t.co/JFcGZN3DSS pic.twitter.com/afD0iCQuSS

— Cebu Pacific Air (@CebuPacificAir) February 10, 2020

對此說法，《中央社》駐馬尼拉記者稍早引述我國代表處官員說法，稱「此言論僅是發言人個人言論，並非官方正式立場」。

我外交部表示，菲國駐台代表親自回應，為該國衛生部錯誤論點致歉，他已與總統辦公室取得聯繫，確定目前移民局和海關並未禁止臺灣人入境。

菲國內閣12日會召開跨部會會議，可能會有新的防疫措施。

但根據馬尼拉駐台經文處（MECO）的公告，杜特蒂總統頒布的禁令，是涵蓋中國、香港與澳門三地；由於台灣人前往中國是持台胞證，並不會在護照留下戳印，故菲律賓要求，所有打算前往菲律賓的台灣旅客，必須向海關提交過去的旅行經歷，避免造成海關誤判影響行程。

菲國政府在記者會上指出，中華民國外交部先前已多次表達抗議，他們將在下週與國際組織開會協商後，再另作考慮或變更政策。

此一突如而來的禁令，不僅讓台灣人無法入境菲律賓，也讓許多來台工作的菲國公民受影響。對於可能造成的衝擊，勞工部長貝羅三世（Silvestre Bello III）表示，政府將對受旅遊禁令影響的公民提供1萬披索（約新台幣5920元）的經濟援助。