柯文哲2018年在台北市長競選期間，遭質疑台大醫院器官移植案，有部分病患沒有進行腦死判定，就使用葉克膜輔助器官移植，美國作家伊森．葛特曼（Ethan Gutmann）懷疑柯文哲涉及強摘器官及謀殺，而台北地檢署6日偵查終結，柯文哲獲不起訴。

蝴蝶蘭文創負責人吳祥輝2018年出版作家伊森．葛特曼寫的《屠殺》一書中文版，吳祥輝刊登報紙全版廣告，廣告節錄書中摘要，指台北市長柯文哲曾涉入中國器官買賣市場，指導活摘法輪功學員器官，涉犯《殘害人群治罪條例》。

吳祥輝告發表示，2008年間，柯文哲安排病患到中國進行器官移植，還跟中國醫生喬價格，明知移植器官來自法輪功學員仍持續進行，並企圖將台灣系統引進中國，幫中國移植器官建立系統，涉犯《殘害人群治罪條例》。

2018年10月，北檢傳喚葛特曼出庭，他供稱，印象中柯文哲只是中間人，沒有說他是器官仲介，也不清楚柯文哲是否真有帶病人到中國做移植，柯文哲也沒說有收錢及器官來自法輪功學員。

檢察官認為，依葛特曼供詞，可證無法確認柯文哲曾介紹病患以優惠價格至中國進行器官移植，而器官來源是否來自法輪功學員，柯文哲也是引述他人說法。

檢察官認為，柯文哲2008年4月赴中國江蘇參加心肺移植高級研討會，跟其他與會醫生有互動，即使聽聞中國器官移植部分來自法輪功學員，也不知是在無心跳、腦死或何階段取得，因此認定柯文哲被控《殘害人群治罪條例》，無消滅某一民族、種族或宗教團體的意圖，罪嫌不足不起訴。

對此，台北市府副發言人黃瀞瑩回應，此案曾在2018年台北市長選舉時，造成不必要的紛擾與騷動，也浪費許多社會資源，期盼這樣的結果，還給台灣社會平靜，並肯定台灣在器官移植醫學的努力。

吳祥輝6日晚間也在臉書發文，對於北檢不起訴柯文哲，他提出質疑，認為檢察官怎麼會聽柯文哲胡說八道，也表示這件案子自己會提起再議。（醫護人員加護病房可望一天補貼一萬元）