隨著疫情的擴散，滯留武漢的國人在11日凌晨都順利抵台，其中，華航包機在回台的過程中有2名國人均有發燒現象，家屬為了陪同患者都被請下飛機，指揮中心表示，檢疫方為中國，我方也只能全力配合辦理。

針對這次包機，中央流行疫情指揮中心醫療應變組副組長王必勝表示，第2次武漢國人返台專機由台灣中華航空與中國東方航空分別執行，而兩岸登機標準都是一致的，若體溫超過 37.4 度則無法登機，同時也會詢問旅客 14 天內有無發燒等症狀，有的話就會接受醫生評估，登機也會要求著裝護目鏡、口罩、隔離衣等。

而我國共安排13名醫護人員，包含4名醫師及9名護理師前往，以確保登機、飛航期間的防檢疫作業與人員照料工作得以嚴謹周全。

王必勝說明，華航登機檢疫是由我方執行，東航則是有一位醫師及兩位護理人員協助辦理，但因他們是乘客身份，所以只能用勸導方式，希望可以符合我方的標準。

至於華航在回台過程中出現了2名發燒患者，1名女士還沒到登機口，就被中方的海關人員攔下；而另1名女乘客則是班機關閉艙門後，雙方在確認資料發現該旅客體溫超過 37.1 度，複檢未過才被請下飛機，之後該乘客的先生及小孩為了要陪同，因此都沒登機。

有知情網友指出，被請下機的女士是名孕婦，而懷孕過程中本身就會有體溫偏高的情形，我方派去的醫療團隊中就有1名婦產科醫生，質疑為何沒有即時替他出來解危。

對此，指揮中心回應，在何處檢疫，就必須配合當地的檢疫規範，就算我國醫生有隨行，也無法替人民說話，只能配合中方做法。(中方臨時塞30人上機)