武漢肺炎疫情在歐洲蔓延，中央流行疫情指揮中心宣布，19日凌晨零時起只要入境者都要居家檢疫14天，國籍航空業者因此可能造成調派組員上的困難；指揮中心18日為此表示，已提出機師採過境而不入境，機組員到外站也須嚴守不外出等措施。

國籍航空因應目前疫情蔓延，現在仍有飛航的亞洲航點，多半都已不再飛過夜班，或是派出2組機組人員出勤，讓組員不需要冒著風險入境當地過夜；但是，歐洲長程航線卻難以用相同方式處理，組員都必須至少在當地休息1天以上，且若不是每日飛航的航點，組員甚至可能會在外站休息2到4天左右。

若是照現行規定，19日起，凡入境者都要居家檢疫14天，機組人員也不例外，此舉可能造成航空公司營運和調度上的困難。因此，國籍航空與民航局，日前已向指揮中心說明運作上的狀況，希望讓機組員免於居家檢疫14天的限制，否則恐嚴重影響營運。

而指揮中心副指揮官陳宗彥18日在記者會上回應，有關機師的部分，會採過境而不入境的作法，且幾家航空公司也都提出嚴謹的防疫計畫，其中包含過境旅館按照指揮中心要求與標準進行。

陳宗彥也表示，機組員到外站，跟當地地勤與主管會有一套機制，像是提供機組員有專車到過境旅館、不到外用餐，堅守不外出等相關的防護機制，以確保機組員本身的健康，讓航空公司可顧及營運，並配合防疫措施。（每周台灣10萬口罩換「美國30萬防護衣原料」）