說起台灣之父李登輝和台灣之子陳水扁，兩人關係情如父子，發生點就在2000年政黨輪替時間。

2004年陳水扁競選連任後，兩人關係開始失和，讓民進黨與台聯關係緊張。甚至到陳水扁執政末期，2006年間，扁家爆發洗錢案，更是意外演出兩位卸任元首互揭瘡疤大戲碼。

李登輝是首屆台灣民選總統，1998年，民進黨籍的陳水扁，想要尋求台北市長連任，儘管當時陳水扁4年台北市長任內的施政滿意度超過7成，但最後不敵當時復出政壇的人氣王「小馬哥」馬英九。

李登輝曾約見陳水扁，並以摩西與約書亞的說法勉勵陳水扁。李登輝認為，陳水扁雖當時敗選，但假以時日，必然有一番新局面。

扁2000年與李交好　讚「民主船長」

2000年政黨輪替，陳水扁成首位非國民黨籍總統，陳水扁當時更為勤向李登輝請益，2001年，陳水扁特別出版新書《世紀首航—政黨輪替500天的沉思》，其中書中大大讚稱許，李登輝是台灣這艘民主之船「老船長」、「台灣民主改革之父」，陳水扁還因此自許「台灣之子」。

扁推金改整頓農漁會　與李鬧翻

2002年，陳水扁因大力推動「金融改革」，整頓農漁會，李登輝當時一度公開質疑，陳水扁此舉是要消滅農會，扁當時反嗆李登輝，若是害怕失去政權而不敢推動改革，才是懦夫，兩人關係開始生變。

2004年總統大選，陳水扁競選連任，李登輝最後也在「號召百萬人牽手護台灣」中出手挺扁，順利讓陳水扁連任成功。

不滿05年扁宋會    李嗆扁：領導者做不對就換

陳水扁連任後，李登輝和陳水扁兩人之間摩擦越來越多。

陳水扁因上任以來，政局始終處在朝小野大的結構，原力圖聯合政府，但幾次和在野領袖會面，最後都不堪收場。

2000年10月，扁連會失敗後，陳水扁總統迂迴找上橘營宋楚瑜，2002年扁宋密會後，2005年，陳水扁又與親民黨主席宋楚瑜約見面，宋楚瑜之後自爆，當時陳水扁曾要他當行政院長，而「扁宋會」因此引發李登輝震怒大表不滿，甚至還罵陳水扁，是不是頭殼壞掉？「抓鬼的，反被鬼抓」。

陳總統在沒連任壓力後，拋開對李登輝忍耐。陳水扁說：「他（李登輝）不要想說，我像他兒子一樣，把我當成他兒子，父親要管兒子也沒有那麼簡單，不是說我不要讓他管，但是講話稍微有要分寸拿捏一下嘛。」前總統李登輝則反嗆扁，「領導者做不對就要換人。」

扁回嘴：李前總統別以為他真是我老爸

2005年任務型國代選舉，陳水扁接受曾在鄭弘儀主持得三立新聞電視台大話新聞一場專訪中，當時陳水扁說，「李前總統不要以為他真是我老爸」，陳水扁的話觸怒了李登輝，當時也令曾文惠氣到身體不舒服連夜送急診。

台聯精神領袖李登輝，與陳水扁交惡，2006年間，陳水扁傳出涉嫌貪污，許多泛藍立委主動發動罷免陳水扁，固然此時此刻，台聯立委也不為扁背書，全體投空白票。

當時的李登輝還說，「挺扁並不等於本土」，並嚴詞批評民進黨施政無能、身陷貪腐、「假本土，真造神」。李扁兩人全面翻臉。

2007年12月，李登輝在圓山大飯店與青年座談時，再度痛批民進黨取得政權後開始腐敗，不到7、8年時間，十幾個部長貪汙被抓進去，「作總統夫人也好，大家都會拿東西，什麼錢也來，東西也來，這個時候自己不了解的話，你馬上會墮落」，「我們選錯人，我們被處罰了，我們期待新的總統。」那年，李登輝已經88歲。

2008年年底，陳水扁因設攤等案件纏身遭羈押，關了7年多，直到2015年1月才獲准保外就醫，李登輝近年身體欠佳，深居簡出，兩人卸任後，已鮮少互動。2005年8月，台聯慶祝4周年黨慶時，是李扁兩人至2017年前最後一次同台。

10年後世紀破冰　扁赴翠山莊祝壽

前總統李登輝2018年1月15日過96歲生日時，當時保外就醫的陳水扁還特地北上向李登輝祝壽，被喻為是「世紀破冰」，李登輝還在臉書PO出兩人照片，並寫下生日願望。他期望，「能召喚台灣所有可團結的力量，捐棄成見，拋開藍綠，合而為民、協同為國，使台灣成為一個偉大的國家。」

兩人見面不到1個小時陳水扁便離開，離開前李、扁還站在一起向媒體揮手致意，距離兩人上次同台公開亮相，已超過10年。

李宋分合再掀李郝政爭

李登輝除了和陳水扁情同父子之深，宋楚瑜1998年12月19日卸下第一屆民選省長職務，省政府進入冰凍期。宋楚瑜與時任總統李登輝曾經情同父子，因凍省兩人相敬如「冰」關係陷僵局。

1988年1月，台灣前總統蔣經國逝世後，「李郝政爭」同年2月白熱化。

李登輝之後以本省人為主「主流派」，與郝柏村主導外省掛的「非主流派」展開權鬥，最後由李勝出，導致國民黨大分裂，蔣家及外省勢力2年後喪失影響力，台灣本土力量自此崛起。

李登輝任總統時，為確保統治地位，提拔宋楚瑜任黨秘書長，並提名陸軍一級上將郝柏村擔任行政院長。此舉引發台灣政壇波瀾，當時社會氛圍諷刺郝柏村為「大軍頭」、「軍人干政」，甚至引發民進黨號召「反對軍人干政」抗議遊行。但郝柏村仍在國民黨數席次立法院表決同意之下正式就任。

新內閣第一年，郝柏村展現軍人風格，獲頗高支持度。但李郝兩人個性有強烈企圖心與使命感，一山難容二虎。

劉和謙擔任參謀總長、蔣仲苓升任一級上將事件，更讓李郝關係陷入谷底；在立院黨團中，親李的「集思會」與親郝的「新國民黨連線」水火不容。

1992年底，立法院完成全面改選，李登輝以建立憲政慣例理由，要求內閣總辭。但當時的郝柏村則是堅持，應由國民黨中常會通過才辭職，雙方相持不下。

第二年初國民大會閉幕，民進黨國代與部分國民黨國代包圍前來報告的郝柏村，大喊「下台」，郝柏村不甘受辱，郝柏村則舉起雙臂高呼「中華民國萬歲，消滅台獨」，隨後宣布辭職。