國軍敦睦艦隊發生群聚感染，因國防部資料的不周延，對外說法不斷被更正而遭質疑造假之嫌，蔡英文總統也罕見連續2天要求國防部「不要隱匿」到「誠實以對」的態度，不免讓人感到國防部在危機處理上，與2013年7月發生陸軍的士官洪仲丘死亡案一樣，都是資訊雜亂無章，各吹各個調，不斷被打臉後更正，讓外界質疑有「國防布」的隱匿，時任國防部長高華柱從友邦巴拉圭趕回國處理，也無法平息社會輿論撻伐，而請辭獲准來止血。

另外，當年陸軍在處理洪仲丘死亡案過程中，一度規畫讓三總的急救醫師親上火線來說明，但當時被中華民國醫師公會全國聯合會向國防部提出抗議，要求要相信專業醫師的診療，不能因社會壓力而欺侮年輕的醫師後罷。而22日立法院外交及國防委員會安排海軍敦睦艦隊支隊長、磐石艦長、醫官等3人視訊方式備詢，立委的作法與當年陸軍要將醫師推上火線有什麼不同。

2013「洪仲丘之死」犯眾怒　高華柱下台

回顧近10年來國軍發生引起社會輿論譁然的重大案件，2013年7月發生陸軍士官洪仲丘死亡案影響最深，促成《軍審法》修法，在承平（非經總統宣戰）時期，將軍人審判從軍法體系之軍事法院部份移至司法體系之普通法院。該案當時因陸軍對外發布的資料不斷被更正，加上軍事檢察署偵辦也不為社會接受，質疑證據有被湮滅，引起社會公民運動。

事件發生時，時任國防部長高華柱訪問友邦巴拉圭，在趕回國內處理時，已無法平息社會輿論，雖國防部完成行政懲處，高華柱返台後負起政治責任向總統請辭獲准。

2015​「阿帕契姊」重挫形象　嚴德發記過

再者，2015年3月29日陸軍航空601旅發生藝人登AH-64E阿帕契戰鬥直升機案，引起社會譁然，並在清明連續假日成為各平面媒體的頭版後，嚴重影響國軍形象後，全案時任國防部部長高廣圻請辭，但被當時馬英九總統要求整飭軍紀而留任，但時任的參謀總長嚴德發上將（現任國防部長）因該案自請處分，被記過1次，成為國軍史上第一位被記過的參謀總長；陸軍司令邱國正上將（現任國家安全局長）被記過2次，本案受到牽連被處分國軍軍官已經超過20人。

這次國防部處理敦睦艦隊發生群聚感染事件上，第一時間並未完整掌握全貌的資訊，造成各單位各唱各的調，例如國防部副部長張哲平在立法院備詢時，軍醫局給立委的資料，張哲平完全不知被立委打臉，明顯著陷長官於不義，也讓國防部發言被外界不信任。回顧國防部過去社會矚目事件，在多次危機處理的不及格，卻沒有學到如何因應，反而不斷的重映過去的不堪，真令人不解。