國軍敦睦艦隊發生群聚感染，影響全省10個縣市提高防疫強度，加上國防部對外說明資訊一再被更正，引發外界爭議。國防部長嚴德發21日晚間舉行臨時記者會，為敦睦支隊磐石軍艦疫情擴散擾民，嚴德發率將領代表國軍向國人道歉，並向蔡英文總統自請處分。蔡英文隨後在臉書貼文表示，「目前最重要是確保整體國軍防疫與疫調工作，用最高標準儘速進行。」

針對國防部長向蔡英文總統自請處分，蔡英文在臉書上貼文聲明，目前最重要是確保整體國軍防疫與疫調工作，並用最高標準儘速進行；而在當前台海情勢下，國軍絕不能因為本案，影響國軍日常的戰力整備和國家安全的維護任務。

蔡英文表示，在初步的調查中，國防部已整理出四大缺失，部長也將主責的將領調離現職。本案應持續調查，釐清問題癥結，並將調查的階段結果隨時向社會說明，待完整調查後再來進行相關人員的懲處。

而面對疫情擴散的風險，蔡英文也要求該案所有相關人員，務必配合疫情指揮中心的疫調及國防部專案小組的調查，不得有所隱瞞。同時，對於接受疫調的相關人員，她也請社會給予當事人空間，尊重他們的隱私。

蔡英文說，調查和檢討只是一個開端，嚴部長更重要的任務，是徹底改變導致這次缺失的根本問題。「該坦承的絕不隱匿，該負責的絕不逃避。勇敢面對，才是國軍本色。」（海軍2將官遭拔接受調查）