海軍敦睦艦隊爆發群聚感染，外界仍持續關注感染源，國防部也為此組成專案小組調查，27日總督察長室軍督處長胡瑞訓少將表示，正隔離中的敦睦艦隊官兵，5月1日完成隔離後，還會進行7天的自主健康管理，待5月8日結束後，國軍將對700餘名解除隔離、完成自主健康管理的官兵逐一面訪，釐清真相後調查報告才會出爐。

總督察長室軍督處長胡瑞訓少將表示，專案小組在19日正式成立，對於案件研析、情資調查、醫療行政、法律服務、人事作業等面向，針對航行前端計畫到靠港後相關聯合安檢及休假做調查，未來會傾向面談方式實施全案調查。

胡瑞訓指出，全程調用艦指部、海軍司令部等單位的書面審查，並針對相關人員實施訪談及靜態資料比對，由於目前相關人員仍在在隔離管制，等隔離結束後再實行面談；胡瑞訓解釋，使用面談方式是為調查嚴謹，並讓當事人能有陳述機會，用電話說明無法代表語意，過程中會給予資料回憶。

至於磐石艦、岳飛艦與康定艦何時會恢復戰備？國防部發言人史順文表示，現階段三軍艦已完成消毒，但目前需配合調查，無法立即恢復戰備，待專案小組完成調查後，會以最快方式恢復戰備。

另外，軍艦位置曾在印尼、新加坡一帶，過程中是否有與其他船隻接觸的可能性。對此，史順文說明，海軍敦睦訓練是海軍年度的一項重要任務，目的是使海軍官校學生跟政戰學院、海軍組應屆畢業生能夠將未來要擔任軍官後能做銜接的工作，也是培養耐航、遠距的訓練，執行過程中並沒有跟其他國家有接觸，也沒執行人道救援等相關任務。

而事發至今，外界不斷有聲音認為，國防部對於國軍的關懷不足等，對此，政戰局長簡士偉中將表示，國防部及海軍司令部及所屬單位主管，對檢疫所住院人員每日電話聯繫關心，並提供專線電話隨時服務家屬，發放慰問品，例如：雞精、洋芋片、八寶粥，給弟兄加油打氣。（黃偉哲不滿台南市「警點」全台最多）