內政部於2019年12月24日發函通知婦聯會，須在4個月內轉型為政黨。婦聯會不服後上訴，而在在訴願遭駁後，又向台北高等行政法院聲請停止執行，而北高行審理後於29日裁定，婦聯會不符合停止執行的要件，判婦聯會敗訴，可抗告。

婦聯會先前不服內政部的函文，向行政院訴願，但於2020年3月5日遭到駁回，因此向台北高等行政法院聲請停止執行。北高行裁定指出，原處分性質的確是行政處分，因課予婦聯會4個月內要完成的義務，如果屆時未完成，就會決定是否廢止政治團體的立案。

然而，北高行認為，該處分未涉及婦聯會「政治團體立案」的廢止與否，故婦聯會的團體存續自由未被侵害，對內部事務或外部活動也無不良影響。

再者，婦聯會有2年的時間可以轉型，原處分未構成急迫情事，且婦聯會已向衛福部申請為公益相關的財團法人，並經審核中。依婦聯會自稱過往運作以及目前真意的實踐等事證，均難認原處分對婦聯會的結社自由及言論自由等，會造成難於回復的損害。因此，法院不准許停止聲請，得抗告。

4月28日是各政治團體轉型為政黨限期的最後一天，但婦聯會仍揚言拒絕轉型。對此內政部表示，依照《政黨法》第32條及第43條規定，未經登記的政黨及未修正章程轉換為政黨的政治團體，將由內政部選任清算人，並準用《民法》清算之規定，財產經清算後，剩餘之財產歸屬國庫。（市長聲量侯友宜第1　柯文哲墊底）