台北市政府衛生局認定旺旺旗下品牌水神次氯酸抗菌液為一般商品，卻廣告宣傳療效，開罰66萬元，柯文哲10日早上於松山慈惠堂受訪卻說，「我問局長（衛生局黃世傑）一定要罰嗎」，黃世傑說這是「人家檢舉、中央交辦」。但中央疫情指揮中心指揮官陳時中10日下午在記者會上回應，「從來沒有」中央交辦過。

旺旺集團旗下品牌「水神」次氯酸抗菌液，2020年2月遭民眾向投訴質疑涉及廣告不實，食藥署移送北市衛生局調查，北市認定水神抗菌液為一般商品，廣告內容卻使民眾誤解有療效，廣告文詞涉及宣傳醫療效能，使民眾誤解能破壞細菌、病毒結構後進而預防所引起的疾病，因此依違反藥事法開罰66萬元。

台北市長柯文哲10日對於開罰水神的案件受訪表示，當台北市長要尊重公務員決定，先前「館長」陳之漢賣乾洗手被罰50萬，他當時問說一定要罰嗎？公務員說依法行政，這次輪到旺旺被罰，他自己也有去問衛生局長黃世傑說「一定要罰嗎？」，黃世傑說這個是人家檢舉，中央又交辦，所以還是那4個字叫「依法行政」。

而台北市政府副發言人戴于文也聲明，台北市衛生局2020年2月13日收到由衛福部食藥署來函，將水神檢舉案移交衛生局，「並依據相關法律開罰」。戴于文說，陳時中近半年來相當忙碌，多為防疫措施努力，可能因而忽略水神檢舉案之原委。而針對此案，北市府「遵守中央交辦事項」，依法行政做後續處理。

但10 日下午，陳時中於疫情指揮中心記者會上回應表示，「從來沒有中央交辦過」，也說「不是藥品就不能做療效果廣告」。疫情指揮中心發言人莊人祥表示，這件事應該不是指揮中心交辦，比較偏向是使用在物品上的標示問題，是否有疑慮「主要由地方衛生局研判」。（南投飆40℃破紀錄）