2020年國中會考16日上午8時30分登場，全國考生約有20萬9045人，今年會考為配合防疫，規定考生均須配戴口罩，並配合體溫量測，不配合者，將取消考試資格且不予補救。另外，此次會考是首度不開放親友陪考，也暫停施測英語科聽力測驗。

因應疫情影響，全國試場冷氣將全面開放，為保持通風，前門、後門及所有窗戶都將打開，每扇窗將各開啟約10公分（約一個拳頭寬）為原則。不過因開門窗恐導致試場過熱，或考英聽時受外界聲音干擾，因此取消會考英語聽力測驗，英聽配分直接挪到英語閱讀，試題數不變。

考生進入試場均需配戴口罩，由教育部負責提供口罩給所有考生（考試1日1片），但若考生沒有戴口罩，國中端及教師隨身都有準備口罩，試務單位及監考老師也都備有口罩，雙重準備就是為要確保「每名考生都戴口罩」，讓防疫零缺口。

此外，全國試務會表示，正在進行居家隔離、居家檢疫的考生，將於 5月30、31日進行補行考試，參加補考考生於入學時，當達到各該校錄取分數時，採外加名額方式辦理，不會影響其他考生權益。

另外，台鐵一列從高雄大湖到台南中洲段列車，因事故一度中斷，導致台南考區有7名擔任試務的老師受阻，台南考區立即啟動緊急因應措施，還有一名南大附聰學生受意外延誤，原定8點30分開始，學生在警察幫忙下，延至8點40分才進入考場應試。（氣象局11:30發布海上警報）