台大校長楊泮池不知避嫌？台大論文造假事件初始，台灣大學校方即由醫學院及生命科學院成立調查小組，主要是要調查各論文是不是真有造假，定12月底要提出調查結果。但生命科學院因前院長郭明良調職，正進行院長鄰選，剛好進入最後階段，選出鄭石通教授及閔明源教授二人為最後人選，12月6日竟還上呈給楊泮池，欲由楊圈選出院長人選。外界質疑調查者人選要讓被調查者審核決定，這種調查會有真相嗎？

台灣大學生物化學所前教授郭明良研究團隊，遭質疑有多篇論文疑涉違反研究倫理，其中4篇論文共同作者是台大校長楊泮池，外界質疑聲浪不斷，甚至台大社科院和理學院教授正發起連署活動，要求楊泮池下台，接受調查委員會檢驗。

11月21日楊泮池特別發聲明，指台大醫學院、生命科學院已經依法分別成立調查小組，台大校教評會針對此案另成立特別委員會，聘請國內外相關處理學術倫理問題專家學者進行調查，上述調查小組都是獨立運作。此外，聲明稿中也提及，「本人為涉造假，坦然接受調查」。

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但是負責此案調查的生命科學院，因涉入台大論文造假風波的台大生命科學學院前院長郭明良，是在2016年3月借調到高雄醫學大學擔任副校長，院長職缺由閔明源教授代理，並在4月開始進行院長遴選作業。

此遴選委員6人是由生命科學院內專任講師以上教師及專任教授中投票選出，在4月28日選出李宗徽、黃慶璨、于宏燦、吳益群、張震東、高文媛，共6位委員。12月6日由鄰選委員投票選出鄭石通教授及閔明源教授為第四任院長候選人。依規定這兩位院長人選，將由楊泮池從中擇一，任命為生命科院院長。

對此，外界質疑，台大負責調查論文是否造假的重要調查單位之一的生命科學院，院長的產生若還掌控在與此案有關的重要關係人校長楊泮池的手上，再加上楊泮池不知避嫌，那麼如何讓人相信調查作業可以獨立運作，調查的結果又如何取信於社會大眾。

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