因美方為強化台灣防禦中國能力，大量對台出售武器系統裝備，許多裝備性能都與中科院研製武器系統重疊，已排擠中科院自研武器量產計劃，據指出，中科院多項規劃量產或更新計劃紛紛喊停或延緩，新增案件更是全部被打回票，目前僅國防部核定並編列預算執行的量產專案繼續執行外，其他則選擇具有關鍵性技術持續以科研計劃來執行。

在蔡政府力推國防自主政策，中科院從2017年因應在國防部訂單大增，例如天弓三型防空飛彈量產、「劍翔」反輻射無人機載具、陸軍獵隼「新型野戰防空武器系統」、海軍機動飛彈發射車等，再加上國防部將「國軍武器裝備獲得建案作業規定」從三階段改成兩階段，新台幣5000萬元以上建案，得依規定委託中科院辦理整體獲得規劃書撰擬等參與各軍種軍重要建案作業。中科院2019年的業務收入，可望衝破500億元大關，創下中科院改制為行政法人以來的記錄。因業務量的大增，員額人數也在短短的2年從6千多人，暴增到1萬多人。

管制組件隨台美交好解禁　中科院拚各式飛彈提升

據指出，隨著台美關係升溫，過去被美方管制的武器零組件也紛紛解禁，中科院在逐步獲得關鍵性組件後，同時透過科研案將現有自製武器系統性能提升後，規劃向國防部提出各式飛彈增程量產計劃，例如空軍IDF戰機配掛的天劍一型飛彈性能提升，到AIM-9X Block II型響尾蛇飛彈的水準；已研發完成的「奔劍專案」天劍二型飛彈性能提升案；萬劍彈增程量產案。海軍雄二增程反艦飛彈量產、雄三超音速增程反艦飛彈（2023年結案）、與承海計劃合併的海劍二防空飛彈及「劍影專案」海劍羚防空飛彈系統，在研發完成後進行量產。

同時也對現有的武器裝備進行關鍵性組件的更新計劃，例如96年台海危機以天弓飛彈改裝成的「天弓2B」地對地飛彈，以「雄昇飛彈18年延壽驗證」來更新；另外，已結案的雄二E巡弋飛彈也開始進行關鍵性組件的更新，來提升其性能。

美對台軍售款項「爆量」　天劍二量產案被延緩

但國防部這2年向美提出採購的武器裝備都與中科院性能重疊，以MQ-9B「海上衛士（Sea Guardian）」大型無人機，騰雲大型無人機系統是其翻版；岸置機動魚叉攻陸飛彈「岸置巡防飛彈系統」，其攻陸性能優於雄二反艦飛彈；M142「海馬斯」HIMARS多管火箭系統，更是雷霆2000多管多箭以「雷昇專案」研製300公里射程案。

就因為我方向美提出的軍售項目與金額，已經造成國防預算在軍事投資項目上的壓力，對中科院造成排擠的效應，例如「奔劍專案」天劍二型飛彈性能提升案就以延緩方式，連更新計劃都未排入。也就是不會有新增的量產案，現有的量產案執行完畢後再行檢討；具有攻勢性能的雄二E巡弋飛彈、萬劍彈還會持續更新與量產，以及持續以科研案維持的雲峰中程飛彈、代號W99火箭推進載具等案，也會以關鍵技術研發來執行，因此中科院已作好勒緊褲帶的準備，未來先以關鍵技術研發的科研案，來維持並提升中科院技術，以因應未來的變數。