秋冬防疫專案新制即將開跑，12月1日起入境台灣皆得附上3日內核酸檢驗報告，外界質疑有可能出現「造假」，指揮中心指揮官陳時中坦言，的確有這可能，且未來打疫苗後要如何審定，也讓他很頭痛；指揮中心發言人莊人祥也說，「的確很難避免」，只能在收到資料後逐一比對辨識，倘若真有造假情況最高可罰15萬元。

指揮中心調整秋冬防疫專案，12月1日起，所有入境的外籍旅客、國人，登機前都要附上3日內核酸檢驗報告。民航局指出，如果報告是陰性者由航空公司安排登機；但若國人在海外確診新冠肺炎，應先遵循所在國的隔離治療規範。

不過若有迫切返台或就醫必要的確診國人，在符合所在國防疫規範與航空公司旅客運送條款前提下，可依「海外國人確認COVID-19之返國就醫專案申請作業原則」進行專案申請，也就是以專案包機返台，確診者不會登上一般航班。

另外，民航局說，指揮中心也針對緊急狀況下，旅客在登機前無法出示檢驗報告，航空公司也可安排旅客登機，例如奔喪、探視重病、緊急就醫；無法提供自費篩檢的國家；部會專案經指揮中心同意，且旅客要配合主動切結。

由於12月1日新制開跑，加上許多假期即將到來，不少旅外民眾搶在這幾天回台，陳時中29日上午表示，預期必然會有返國朝，增加確診病人不可免，會嚴陣以待，但他也說，現在國家醫療量能仍算充沛。

而對邊境返國檢驗報告恐出現「造假情況」，陳時中也坦言，現在大家困擾的是包含報告品質參差不全，有造假可能，且未來打疫苗後，要如何證明、審定，都是現在很頭痛的事情。

莊人祥29日談到「邊境返國恐造假」一事表示，「的確很難去避免」，只能在上路後，從收進來的陰性證明逐一比對、辨識，未來有民眾發現造假也歡迎檢舉，一旦確認屬實，會依照《傳染病防治法》最高裁罰15萬元。（境外移入再+3）